结论：在商标侵权案件中，即使侵权人已经将获利全部赔偿给商标权属人，违法所得仍有可能被没收，这主要取决于具体的法律规定和案件情况。
分析：
赔偿与没收的性质不同：
- 赔偿是侵权人因其侵权行为给商标权属人造成的损失而进行的补偿，其目的是弥补商标权属人的实际损失。
- 没收违法所得则是国家对侵权人因违法行为所获得的利益进行的剥夺，其目的是惩罚侵权行为并防止其继续获利。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十三条，侵犯商标专用权的赔偿数额可以按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定，也可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。这表明，赔偿和侵权获利是两个独立的法律概念，赔偿并不排除对违法所得的没收。
- 在实际操作中，如果侵权人的违法所得未被纳入赔偿范围，或者赔偿不足以覆盖其全部违法所得，那么相关部门（如市场监管部门或法院）有权根据法律规定对违法所得进行没收。
案件具体情况：
- 如果侵权人已经主动将全部获利赔偿给商标权属人，并且这一赔偿行为得到了商标权属人的认可，同时相关部门也认为这一赔偿行为已经充分体现了对侵权行为的惩罚和补偿，那么可能不会对违法所得进行额外的没收。
- 然而，如果侵权人存在隐瞒、转移或拒不交出违法所得等行为，或者赔偿金额明显低于其实际违法所得，那么相关部门很可能会依法对违法所得进行没收。
建议：
- 对于商标权属人：在接受赔偿时，应确保赔偿金额能够充分覆盖自己的实际损失，并考虑侵权人的违法所得情况。如果发现侵权人存在隐瞒或转移违法所得的行为，应及时向相关部门举报。
- 对于侵权人：应主动配合商标权属人和相关部门的调查工作，如实交代自己的违法所得情况，并积极进行赔偿。如果试图隐瞒或转移违法所得，将可能面临更严重的法律后果。
后续行动：
- 如果您是商标权属人或侵权人，在面临商标侵权纠纷时，建议及时咨询专业律师（即我，傅梅虹律师），以便更好地了解自己的权利和义务，并制定合适的应对策略。
- 在处理商标侵权案件时，应密切关注相关法律法规的变化和司法实践的发展，以便及时调整自己的策略和行动。