商标侵权案件中，违法所得是否会被没收，这主要取决于侵权行为的性质、情节以及相关法律法规的具体规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
法律依据与没收情形：
- 根据《中华人民共和国商标法》第六十条的规定，对于商标侵权行为，工商行政管理部门有权责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。这里明确提到了“没收”这一措施，但主要是针对侵权商品和制造工具，并未直接提及违法所得。
- 然而，在更广泛的法律框架下，如《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律，对于违法行为所得的财物，行政机关有权依法予以没收。这意味着，在商标侵权案件中，如果侵权行为构成了违法行为，并且违法所得与侵权行为直接相关，那么违法所得是有可能被没收的。
没收违法所得的具体条件：
- 侵权行为的严重性：通常，只有当侵权行为达到一定的严重程度，如大规模、长期或恶意侵权时，行政机关才更可能考虑没收违法所得。
- 违法所得与侵权行为的直接关联性：违法所得必须直接来源于侵权行为，且能够明确证明。如果违法所得与侵权行为无直接关联，或者无法证明其来源，那么没收的可能性就会降低。
- 行政机关的裁量权：在决定是否没收违法所得时，行政机关会综合考虑多种因素，包括侵权行为的性质、情节、社会影响等，并行使一定的裁量权。
实际操作中的考量：
- 证据收集与证明：要没收违法所得，必须首先收集到充分的证据来证明违法所得的存在及其与侵权行为的直接关联性。这通常需要专业的调查和取证工作。
- 法律程序与救济途径：如果行政机关决定没收违法所得，通常会遵循一定的法律程序，如发出行政处罚决定书等。同时，被处罚人也有权依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
案例参考：
- 在实际的商标侵权案件中，是否没收违法所得往往取决于具体案件的情况。有些案件中，由于侵权行为严重且违法所得明确，行政机关可能会决定没收违法所得；而在另一些案件中，由于证据不足或侵权行为情节较轻，行政机关可能只会责令停止侵权行为并处以罚款等处罚。
总结与建议：
- 商标侵权案件中违法所得是否会被没收并没有一个绝对的答案，而是取决于多种因素的综合考量。
- 如果您或您的企业面临商标侵权指控，并担心违法所得可能被没收，建议及时咨询专业律师以获取具体的法律建议和帮助。律师可以根据您的具体情况，分析案件的性质、情节以及相关法律法规的规定，为您提供针对性的法律策略和建议。
- 同时，也建议您加强商标保护意识，遵守相关法律法规，避免涉及商标侵权等违法行为。