在商标侵权违法行为已经追究刑事责任的情况下，行政部门对侵权商品的没收主要依据相关法律法规进行，以下是对此问题的详细解答：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国商标法》第六十条第二款的规定，工商行政管理部门在处理商标侵权案件时，若认定侵权行为成立，有权责令立即停止侵权行为，并没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。这一规定同样适用于已经追究刑事责任的商标侵权案件，即刑事责任的追究并不免除行政部门的没收职责。

2. 没收程序：

   • 调查取证：行政部门在接到商标侵权举报或发现侵权行为后，会进行调查取证，包括收集侵权商品、询问相关人员、查阅相关账目等，以确定侵权事实的存在和侵权商品的数量、价值等。
   • 认定侵权：在调查取证的基础上，行政部门会依据相关法律法规和证据材料，对侵权行为进行认定。若认定侵权行为成立，则会进入下一步的没收程序。
   • 没收决定：行政部门会依法作出没收侵权商品的决定，并通知侵权人。没收决定通常包括没收侵权商品的具体数量、种类、价值以及没收的理由和依据等。
   • 执行没收：侵权人应在收到没收决定后，按照决定的要求将侵权商品交出，由行政部门进行没收和销毁。若侵权人拒不交出，行政部门可以依法采取强制措施进行执行。

3. 与刑事责任的衔接：

   • 在商标侵权案件中，若侵权行为情节严重，构成犯罪的，会依法追究刑事责任。但刑事责任的追究并不影响行政部门对侵权商品的没收。即，即使侵权人已经被追究刑事责任，行政部门仍然可以依法对其侵权商品进行没收和销毁。
   • 行政部门在没收侵权商品时，会与司法机关保持沟通协调，确保没收工作的顺利进行。同时，行政部门也会将没收情况及时通报给司法机关，以便司法机关在量刑时予以考虑。

4. 特殊情况处理：

   • 若侵权商品已经部分或全部销售，行政部门在没收时可能无法直接获取全部侵权商品。此时，行政部门会依据相关证据材料，如销售记录、库存记录等，来确定侵权商品的数量和价值，并据此作出没收决定。
   • 若侵权人拒不配合行政部门的没收工作，行政部门可以依法采取强制措施进行执行，如查封、扣押等。同时，行政部门也可以将此情况通报给司法机关，以便司法机关在量刑时予以考虑。

总结来说，在商标侵权违法行为已经追究刑事责任的情况下，行政部门仍然有权依据相关法律法规对侵权商品进行没收和销毁。这一程序与刑事责任的追究是并行不悖的，旨在全面打击商标侵权行为，保护商标权人的合法权益。若您在商标侵权方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。