结论前置：公司半夜修改考勤时间和地点的行为，可能涉及违法或侵犯员工权益，具体需结合修改内容、程序及劳动合同约定来判断。以下是详细分析：
1. 修改考勤的合法性判断
- 程序合法性：根据《劳动合同法》第4条，用人单位制定、修改直接涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤制度），需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。若公司未履行上述程序，擅自修改考勤制度，可能因程序违法而被认定无效。
- 内容合理性：考勤时间和地点的修改需符合“合理性”原则。例如，若将上班时间从9点提前至7点，或工作地点从市区迁至偏远地区，且未提供交通补贴等补偿措施，可能被认定为不合理，侵犯员工权益。
2. 员工可采取的应对措施
- 要求公司说明理由：员工有权要求公司书面说明修改考勤的原因、依据及补偿方案（如交通补贴、调休等）。若公司拒绝提供或理由不充分，员工可进一步维权。
- 拒绝不合理修改：若修改内容明显不合理（如工作时间过长、地点过远），员工可拒绝执行，并保留相关证据（如邮件、通知等）。根据《劳动法》第38条，用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可立即解除劳动合同，并要求经济补偿。
- 向劳动监察部门投诉：若公司未履行民主程序或修改内容违法，员工可向当地劳动监察大队投诉，要求公司纠正违法行为。
- 申请劳动仲裁：若因考勤修改导致工资扣减、解除劳动合同等纠纷，员工可在1年内申请劳动仲裁，主张违法解除赔偿金、工资差额等。
3. 劳动合同约定的优先性
- 若劳动合同中已明确约定考勤时间和地点，公司单方修改需与员工协商一致。未经协商，公司擅自修改可能构成违约，员工可要求继续履行原合同或主张违约责任。
4. 特殊情况处理
- 因经营需要调整：若公司因生产经营需要调整考勤（如轮班制），需与员工协商，并尽量安排合理调休或支付加班费。若协商不成，公司需提前30日书面通知员工或支付代通知金。
- 疫情等特殊时期：在疫情等特殊情况下，公司可能需调整考勤以配合防疫政策（如居家办公）。此时需遵守政府指导文件，并保障员工基本权益。
行动建议
- 保留证据：保存公司修改考勤的通知、邮件、聊天记录等，证明修改事实及程序违法性。
- 集体协商：联合其他员工与公司协商，要求恢复原考勤或提供合理补偿。
- 法律维权：若协商无果，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，避免超过1年仲裁时效。
温馨提示：考勤制度直接关系员工切身利益，公司无权随意修改。若遇到类似问题，可直接向我咨询具体应对方案。