结论：劳务协议结束后，甲方（这里假设甲方为用人单位）能否追回已支付的工资，需视具体情况而定，一般情况下不能随意追回，但在特定情形下存在追回的可能性。以下从不同角度进行分析：

一、协议正常履行且无争议的情况

若劳务协议中关于工资的结算等事项有清晰明确的约定，并且双方都已经按照协议履行完毕，即甲方已经按照约定支付了工资，乙方（劳动者）也接受了工资且未提出异议，那么在此情况下，甲方通常是不能再追回已支付的工资的。这是因为双方已经基于协议完成了各自的权利义务，协议具有法律约束力，任何一方不得随意违反。

二、协议签订存在问题的情况

1. 欺诈、胁迫、乘人之危：如果劳务协议是在欺诈、胁迫或者乘人之危等情形下签订的，导致乙方违背了真实意愿签署协议，那么乙方可以在协议签订后的一年内，请求法院或者仲裁机构撤销该协议。一旦协议被撤销，就视为自始没有法律约束力，此时甲方若之前支付了工资，理论上存在追回的可能性，但实践中需要具体证据支持且操作复杂，需通过法律程序解决。不过，从常规理解角度，若协议被撤销，双方应恢复至协议签订前的状态，对于已支付的工资，若非乙方应得，甲方可主张返还。
2. 重大误解：虽然公域知识中未明确提及，但按照法律原理，若因重大误解签订协议，导致一方遭受较大损失，受损方也有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。若因此导致工资支付有误，甲方在协议变更或撤销后，也可能主张追回多支付的工资。

三、工资未全部结算或存在错误支付的情况

1. 工资未全部结算：如果劳务协议没有涵盖甲方应支付给乙方的全部工资，例如存在加班工资未结算、奖金未发放等情况，那么甲方不仅不能追回已支付的工资，反而还需要支付未结算的部分。当然，如果甲方错误地多支付了工资，且能证明是多付的，那么甲方有权要求乙方返还多支付的部分。
2. 错误支付：若因甲方财务错误、计算失误等原因，导致向乙方多支付了工资，甲方在发现后，有权要求乙方返还多支付的金额。这种情况下，甲方追回工资的理由是基于不当得利，即乙方没有合法依据获得了利益，应当返还。

法律建议与后果

• 协商解决：如果甲方认为存在需要追回工资的情况，首先可以尝试与乙方进行友好协商，看是否能够达成一致意见，避免法律纠纷。
• 法律途径：如果协商无果，甲方可以通过向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁（若属于劳动纠纷范畴，但劳务协议一般不直接受劳动仲裁管辖，除非协议性质被认定为劳动关系，此处为全面考虑情况而提及）等方式来维护自己的权益。在诉讼或仲裁过程中，甲方需要提供充分的证据来证明自己的主张。
• 法律后果：如果甲方在没有合法依据的情况下追回工资，可能会面临乙方的反诉或者投诉，甚至可能需要承担法律责任，如支付违约金、赔偿乙方因此遭受的损失等。

总结：劳务协议结束后甲方能否追回工资，取决于协议的具体内容、签订过程以及工资支付的情况。建议甲方在遇到此类问题时，先咨询专业律师（即向我咨询），了解自己的权利和义务，再通过合法途径来解决问题。