在行政机关未对建设行为是否违法作出认定前，法院处理民事争议的核心原则是不直接否定或确认行政违法性，但可基于现有证据和法律关系对民事权利义务作出裁判。具体处理方式需结合争议类型和证据情况，分以下情形说明：
1. 民事争议不依赖行政违法认定的情形
若民事争议的解决无需以行政机关对违法建设的认定为前提（如合同效力、物权归属、相邻权纠纷等），法院可直接依据《民法典》及相关民事法律规范审理。
- 示例：甲主张乙的建筑物侵犯其相邻权（如遮挡采光），即使行政机关未认定该建筑违法，法院仍可通过现场勘验、鉴定等方式判断是否构成侵权，并据此裁判。
- 依据：《民法典》第236条（排除妨害请求权）、第288条（相邻关系处理原则）。
2. 民事争议涉及行政违法认定的情形
若民事争议的解决需以行政机关对违法建设的认定为前提（如建筑物权属争议中涉及合法性审查），法院可能采取以下方式：
- 中止审理，待行政认定后恢复：根据《民事诉讼法》第153条，若民事案件的审理需以行政机关的行政行为结果为依据，而该行政行为尚未作出，法院可裁定中止诉讼，待行政机关认定后恢复审理。
- 示例：甲主张乙的建筑物系违法建设，要求确认其无权占有土地。若行政机关尚未认定该建筑违法，法院可能中止审理，待行政机关出具认定书后继续。
- 不直接否定行政权，但可作事实推定：在极少数情况下，若法院通过现有证据（如规划文件、施工许可等）能明确推断建设行为违法，可能间接认定其违法性，但不会直接替代行政机关的职权。
- 限制：此方式需严格谨慎，避免侵犯行政机关的专属认定权。
3. 行政与民事交叉争议的特殊处理
若民事争议与行政争议存在紧密关联（如“民行交叉”案件），法院可能通过以下途径协调：
- 一并审理民事与行政争议：根据《行政诉讼法》第61条，在涉及行政许可、登记、征收等行政行为引起的民事争议中，当事人申请一并解决相关民事争议的，法院可合并审理。
- 示例：甲起诉乙的建筑物违法并要求赔偿损失，同时对行政机关颁发的施工许可提起行政诉讼。法院可一并审理民事赔偿和行政许可合法性。
- 建议当事人先行行政救济：若民事争议的核心是行政行为的合法性（如认为行政机关错误颁发建设许可），法院可能建议当事人先通过行政复议或行政诉讼解决行政争议，再处理民事问题。
总结与建议
- 行政机关未认定违法建设前，法院原则上不直接认定违法性，但可基于民事法律关系裁判。
- 若民事争议依赖行政认定，法院可能中止审理或建议当事人先行行政救济。
- 涉及“民行交叉”时，可申请一并审理，但需符合法定条件。
提示：若您面临此类纠纷，建议整理相关证据（如合同、规划文件、现场照片等），并明确民事争议的核心诉求（如赔偿、排除妨害等），以便法院更高效地处理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。