受罚停退税未退部分是否合法，需结合具体情况及法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 税务行政处罚的合法性基础

根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定，税务机关有权对纳税人、扣缴义务人的违法行为进行处罚，包括但不限于罚款、没收违法所得、停止出口退税权等。若纳税人因违反税收法律法规（如骗取出口退税、偷税等）被税务机关依法处罚，且处罚措施中包含“停止出口退税权”，则在此期间未退的税款属于合法暂扣范围。
关键点：处罚需有明确法律依据，且程序合法（如告知权利、听取陈述申辩等）。若处罚决定被撤销或变更，未退部分可能需重新处理。

2. 未退税款的合法性条件

• 程序合法性：税务机关需在处罚决定中明确停止退税的期限及范围。若未依法履行告知义务或程序存在瑕疵，纳税人可主张程序违法。
  
• 实体合法性：未退税款需与违法行为直接相关。例如，若纳税人因虚假申报被停退，但部分税款涉及合法交易，则税务机关需区分处理，不得一概扣留。
  
• 期限合理性：停止退税的期限应与违法行为性质、情节相适应。若期限过长或超出法定范围，可能构成滥用职权。

3. 纳税人的救济途径

• 行政复议：纳税人可在收到处罚决定之日起60日内申请行政复议，要求撤销或变更处罚决定。
  
• 行政诉讼：对复议结果不服的，可在15日内向法院提起行政诉讼，请求法院审查处罚的合法性。
  
• 证据提交：纳税人需提供证据证明未退税款与违法行为无关，或税务机关程序违法，以支持其主张。

4. 实务中的常见情形

• 合法情形：纳税人因骗取出口退税被处罚，税务机关依法停止退税，期间未退部分属于合法暂扣。
  
• 可能违法情形：税务机关未区分合法与非法交易，一概扣留税款；或停止退税期限超出法定上限（如《税收征收管理法》未规定具体期限，但需遵循比例原则）。

法律建议

1. 核查处罚依据：要求税务机关出具处罚决定的法律依据及程序证明，确认其合法性。
   
2. 区分税款性质：若部分税款涉及合法交易，可申请税务机关单独处理，避免“一刀切”扣留。
   
3. 及时行使救济权：若对处罚决定有异议，应在法定期限内申请复议或诉讼，避免超过时效。
   

总结：受罚停退税未退部分是否合法，需结合处罚依据、程序、实体内容及纳税人救济情况综合判断。若您面临此类问题，建议提供具体处罚决定及事实背景，以便进一步分析。