被检察院不起诉后，单位五年之后才做处理，这一行为是否合法，需结合具体情况来分析，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、不起诉决定的法律性质
不起诉决定是检察院对案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合《中华人民共和国刑事诉讼法》中规定的不起诉条件时所作出的决定。这一决定具有法律效力，意味着案件在刑事层面已经终结，犯罪嫌疑人不会被追究刑事责任。
二、单位处理的法律依据与合理性
单位内部规定：
- 如果单位有明确的内部规定，对于涉及刑事案件的员工在不起诉后应如何处理，那么单位应依据这些规定来执行。但规定本身需合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。
- 若单位规定在不起诉后一定期限内（如五年）对员工进行处理，且该期限设定合理，不违背法律原则，那么单位的行为可能是合法的。但需注意，这种期限设定应有明确的法律依据或合理的业务需求支撑。
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果单位以不起诉为由对员工进行处理，且该处理与劳动合同或规章制度中的约定相符，同时程序合法，那么单位的行为可能是合法的。但若处理决定缺乏合同或制度依据，或程序违法，则可能构成违法。
时效性问题：
- 从法律时效的角度来看，不起诉决定本身并不直接设定单位对员工进行处理的时效期限。单位在五年后进行处理，并不直接违反法律关于时效的规定。
- 但若单位的处理决定基于某些已经失效或不再适用的规定，或者处理决定本身缺乏合理的业务需求或法律依据，那么这种延迟处理可能引发合法性争议。
三、可能的法律后果与建议
如果单位处理合法：
- 员工应接受处理决定，并考虑是否需要寻求内部申诉或外部法律援助来维护自己的权益（如果认为处理决定不公）。
如果单位处理违法：
- 员工可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
- 在此过程中，员工应收集并保留相关证据，如不起诉决定书、单位处理决定、劳动合同、规章制度等，以支持自己的主张。
建议：如果您面临类似情况，首先应仔细审查单位的处理决定及其依据。如果您认为处理决定不公或违法，可以及时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。