结论前置：
- 挖农田水沟未申报，若情节严重可能构成犯罪，但合理部分通常不会被扣除或追责。
- 是否构成犯罪及合理部分的认定，需结合具体情节和法律规定综合判断。
详细分析：
一、关于是否构成犯罪
挖农田水沟未申报，这一行为本身并不直接等同于犯罪。但是，如果这一行为违反了相关的土地管理法规或水利法规，且情节严重，如造成了农田的严重破坏、影响了水利设施的正常运行或导致了其他严重后果，那么可能构成犯罪。具体来说，可能涉及的罪名包括但不限于非法占用农用地罪、破坏生产经营罪等。
- 非法占用农用地罪：根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。若挖水沟的行为导致了农用地的毁坏，且数量较大，则可能构成此罪。
- 破坏生产经营罪：如果挖水沟的行为是为了破坏农业生产或其他生产经营活动，且情节严重，也可能构成破坏生产经营罪。
二、关于合理部分的认定与扣除
在判断挖农田水沟的行为是否构成犯罪时，会考虑行为的合理性。如果挖水沟是为了合法的农业生产需要，如灌溉、排水等，且没有造成农用地的严重破坏或其他严重后果，那么这一行为通常被认为是合理的，不会构成犯罪，也不会被扣除或追责。
- 合理性的判断标准：合理性的判断通常基于行为的必要性、合法性以及是否造成了不必要的损害。例如，如果挖水沟是为了解决农田的灌溉问题，且没有超出必要的范围或造成农用地的严重破坏，那么这一行为就是合理的。
- 扣除或追责的情况：如果挖水沟的行为超出了合理的范围，如为了个人利益而非法占用农用地或破坏水利设施，且造成了严重后果，那么不仅可能构成犯罪，还可能面临民事赔偿或行政处罚。在这种情况下，合理部分（如必要的灌溉水沟）通常不会被扣除或追责，但非法或不合理部分则可能受到相应的法律制裁。
三、法律建议
- 遵守法律法规：在进行任何与农田或水利相关的活动时，都应遵守相关的法律法规，确保行为的合法性和合理性。
- 及时申报与审批：如果需要进行挖水沟等农田水利建设活动，应及时向相关部门申报并获得审批，以避免因未申报而引发的法律风险。
- 寻求法律帮助：如果对于挖农田水沟的行为是否构成犯罪或合理部分的认定存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。
最后，挖农田水沟未申报是否构成犯罪以及合理部分是否会被扣除，需结合具体情节和法律规定进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。