核心结论：合作商将本应转给分公司的款项错误转至总公司，需根据实际情况采取不同处理措施，具体如下：

1. 立即沟通并确认错误
   总公司收到款项后，应第一时间与合作商联系，明确告知款项转错的事实，并要求合作商出具书面说明（如邮件、函件），确认转账错误的具体金额、时间及原因。此步骤的目的是固定证据，避免后续因沟通不畅产生争议。
   法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施等违约责任。合作商错误转账属于履行瑕疵，需配合更正。

2. 内部财务调整与合规处理
   若总公司与分公司存在财务独立核算关系，总公司应将款项及时转付至分公司账户，并保留转账凭证、内部审批文件等证据，证明资金流向的合法性。
   风险提示：若总公司未及时转付且无法证明资金用途合法，可能被认定为“不当得利”，需承担返还义务（《民法典》第九百八十五条）。此外，若涉及税务问题（如分公司需独立纳税），错误转账可能导致税务申报异常，需同步调整。

3. 修订合同或补充协议
   若错误转账源于合同条款不明确（如未明确收款账户信息），建议与合作商签订补充协议，明确未来付款的账户、方式及违约责任，避免同类问题再次发生。
   实务建议：补充协议中可约定“若付款方错误转账，收款方应在X日内通知更正，逾期未通知的，视为默认收款方有权处理款项”，以降低后续纠纷风险。

4. 法律救济途径
   若合作商拒绝配合更正或主张款项已履行完毕，总公司可采取以下措施：

   • 协商解决：通过书面函件要求合作商限期更正，并保留送达证据；
     
   • 诉讼/仲裁：若协商无果，可根据合同约定向法院起诉或申请仲裁，要求合作商继续履行付款义务或赔偿损失。
     证据清单：需准备合同、转账记录、沟通记录、补充协议（如有）等材料。

总结：处理此类问题的核心是“快速固定证据+及时内部调整+明确合同责任”。建议优先通过沟通解决，若合作商不配合，再启动法律程序。如有进一步细节（如合同条款、转账金额等），可向我补充说明，我将提供更具体的分析。