针对您提出的“员工怀孕公司还能注销吗”这一问题，首先需要明确的是，公司注销与员工是否怀孕是两个相对独立的事件，但员工怀孕这一状态在公司注销过程中可能会涉及到一些特殊的法律考量。
公司注销的基本流程：
公司注销通常涉及清算、税务注销、工商注销等多个环节，其核心目的是合法地终止公司的法人资格。在这个过程中，公司需要处理完所有的债权债务关系，包括员工的工资、福利、经济补偿等。
怀孕员工在公司注销中的特殊保护：
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期内享有特殊的法律保护。这意味着，即使公司处于注销过程中，也不能随意忽视或剥夺怀孕员工的合法权益。
经济补偿与福利待遇：
- 如果公司决定注销，并且与怀孕员工解除劳动合同，那么公司需要按照法律规定支付经济补偿。经济补偿的标准通常根据员工在公司的工作年限和月工资来确定。
- 此外，怀孕员工还有权享受应得的福利待遇，如产假工资、生育津贴等。这些费用在公司注销前应当得到妥善处理。
合法解除劳动合同的情形：
- 尽管怀孕员工享有特殊保护，但如果她们存在严重过错（如严重违反公司规章制度、严重失职造成重大损害等），公司仍然可以依法解除劳动合同。不过，在这种情况下，公司需要确保有充分的证据来支持其解除行为的合法性。
- 需要注意的是，公司注销本身并不构成解除劳动合同的合法理由。除非怀孕员工存在上述严重过错，否则公司不能仅因注销而单方面解除劳动合同。
法律责任与风险：
- 如果公司违反法律规定，在注销过程中忽视或剥夺怀孕员工的合法权益，那么公司可能面临法律责任，包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 因此，公司在注销前应当仔细评估与怀孕员工相关的法律风险，并采取相应的措施来确保合规性。
建议与措施：
- 提前沟通与协商：公司应当与怀孕员工进行提前沟通，解释注销的原因和过程，并协商处理相关的经济补偿和福利待遇问题。
- 依法处理债权债务：公司应当确保在注销前处理完所有的债权债务关系，包括与怀孕员工相关的费用。
- 寻求法律咨询：如果公司在注销过程中遇到复杂的法律问题，建议寻求专业的法律咨询以确保合规性。
综上所述，员工怀孕并不直接影响公司的注销流程，但公司在注销过程中需要特别注意保护怀孕员工的合法权益。通过提前沟通、依法处理债权债务和寻求法律咨询等措施，公司可以确保注销过程的合法性和合规性。