若二审申请鉴定后法院未予回复，可按以下步骤处理：

1. 确认申请程序合法性
   首先需核查鉴定申请是否符合法定形式要件（如书面申请、明确鉴定事项及必要性说明），并确认是否在二审举证期限内提出。若程序存在瑕疵，法院可能以“未依法申请”为由不予处理，此时需先补正申请材料或程序。

2. 主动联系法院确认状态
   若程序合法但未获回复，应立即通过书面函件或到法院立案庭、承办法官处查询申请进展。根据《民事诉讼法》第137条，法院对鉴定申请应在5日内决定是否准许，逾期未答复可能构成程序瑕疵，可要求法院出具书面处理意见。

3. 区分“未回复”与“未准许”

   • 若法院已口头或书面拒绝鉴定：需审查拒绝理由是否合法（如鉴定事项与案件无关联性、鉴定条件不具备等）。若理由不成立，可在二审庭审中提出异议，并要求法院将拒绝鉴定的决定记入笔录，作为后续申诉依据。
     
   • 若法院完全未作任何回应：可视为程序违法，根据《民事诉讼法》第207条第（四）项（违反法定程序可能影响公正审判），在二审判决后申请再审时主张程序错误，要求撤销原判发回重审。

4. 利用庭审程序补救
   在二审庭审中，若法院仍未处理鉴定申请，可当庭提出“因鉴定申请未获答复，导致关键事实无法查清”，要求法院依职权委托鉴定或直接认定己方主张的事实（如对方拒绝鉴定且无相反证据）。根据《民事诉讼证据规定》第30条，法院对需鉴定的事项负有释明义务，若未履行，可能构成程序违法。

5. 后续救济途径

   • 申请再审：若二审判决已作出且因未鉴定导致事实认定错误，可在判决生效后6个月内以“违反法定程序”为由申请再审，提交鉴定申请材料及法院未回复的证据（如邮寄凭证、查询记录等）。
     
   • 检察监督：若法院存在故意拖延或程序严重违法，可向同级人民检察院申请检察建议或抗诉，但需以“生效判决确有错误”为前提。

风险提示：鉴定申请未获回复可能直接影响案件结果，尤其是涉及专业性问题（如医疗损害、工程质量）的案件。建议同步准备替代证据（如专家辅助人意见、同类案例），以降低对鉴定的依赖。若需进一步分析具体案件中的程序应对策略，可直接向我咨询。