公安机关立案调查虚假诉讼罪案件超过两年，并不能直接作为申请撤销案件的依据，案件能否撤销需依据具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
一、法定撤销案件的情形
根据《刑事诉讼法》的相关规定，存在以下六种法定情形时，已经追究的应当撤销案件：
- 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：如果公安机关在调查过程中发现，虚假诉讼的行为情节显著轻微，且没有造成严重的社会危害，不构成犯罪，那么应当撤销案件。
- 犯罪已过追诉时效期限的：如果虚假诉讼罪已经超过了法律规定的追诉时效期限，那么公安机关也应当撤销案件。
- 经特赦令免除刑罚的：如果犯罪嫌疑人获得了特赦令，免除了刑罚，那么案件也应当撤销。
- 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的：对于某些依照刑法规定需要告诉才处理的犯罪，如果被害人没有告诉或者撤回了告诉，那么公安机关也应当撤销案件。
- 犯罪嫌疑人、被告人死亡的：如果犯罪嫌疑人或被告人在案件调查过程中死亡，那么案件也应当撤销。
- 其他法律规定免予追究刑事责任的：除了上述五种情形外，如果还有其他法律规定免予追究刑事责任的情形，那么公安机关也应当撤销案件。
若案件存在上述法定情形，公安机关应撤销案件；若不存在，即便侦查时间长且没进展，也不能随意撤销。
二、侦查期限与撤销案件的关系
侦查期限是公安机关对案件进行侦查的时间限制，但并不意味着超过这个期限就必须撤销案件。侦查期限的延长或超期，并不直接决定案件是否应当撤销。案件能否撤销，关键在于是否满足上述法定撤销案件的情形。
三、当事人的权利与救济途径
- 与侦查机关沟通：当事人可以与侦查机关沟通，了解案件的侦查进度和情况，表达自己的关切和诉求。
- 申诉、控告：如果当事人认为侦查机关的行为违法或不当，可以通过申诉、控告等途径维护自己的权益。例如，如果当事人认为侦查机关超期侦查且没有合法理由，可以向上一级公安机关或检察机关提出申诉或控告。
四、实际操作中的注意事项
- 保留证据：当事人应保留与案件相关的所有证据，以便在需要时提供给侦查机关或法院。
- 遵循法律程序：当事人在维护自己权益的过程中，应遵循法律程序，不得采取非法手段。
- 及时咨询专业律师：由于法律问题的复杂性，当事人在处理此类问题时，应及时咨询专业律师，以获取更准确、更全面的法律建议。
针对您的情况，如果公安机关立案调查虚假诉讼罪案件超过两年，但并未出现上述法定撤销案件的情形，那么您不能直接申请撤销案件。您可以与侦查机关沟通了解案件进度，若认为侦查行为违法，可通过申诉、控告等途径维护权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。