关于您提出的“工地结清证明是否可以作为付款凭据”的问题，这需要从法律和实际操作两个层面来详细分析。
首先，从法律角度来看，结清证明本身并不直接等同于付款凭据。结清证明通常是在双方确认工程款项已经全部结清后出具的一种书面文件，它主要证明的是款项结算的状态，即“已结清”。然而，要作为付款的直接证据，结清证明需要包含或能够关联到具体的付款记录，比如银行转账记录、收据等，这些才能直接证明款项的实际支付。
在实际操作中，结清证明的有效性往往依赖于其背后的付款记录和双方的共同认可。例如，在您提供的参考信息中，A公司虽然提供了结清证明相关的背景（即双方有结算的意愿和过程），但真正在法律上起到关键作用的是那5笔被漏算的工程款付款凭证。这些凭证直接证明了款项的实际支付情况，是A公司追回被扣划工程款的重要依据。
进一步来说，如果结清证明中明确列出了付款的详细信息（如付款日期、金额、付款方式等），并且这些信息与实际的付款记录相吻合，那么这份结清证明在法律上就具有更强的证明力。但即便如此，为了确保权益，双方通常还会保留付款的原始凭证，如银行转账记录、收据等，作为结清证明的补充证据。
总结建议：
结清证明应详细记录付款信息：在出具结清证明时，应尽可能详细地记录付款的日期、金额、付款方式等关键信息，以便在需要时作为付款的直接证据。
保留付款原始凭证：无论结清证明如何详细，都应保留付款的原始凭证，如银行转账记录、收据等，这些凭证是证明款项实际支付的最直接证据。
法律咨询：在涉及大额款项结算时，建议咨询专业律师，以确保结清证明和其他相关文件的合法性和有效性。
规范财务管理：对于企业而言，规范财务管理、确保账目清晰是避免类似纠纷的关键。如参考信息中的A公司，由于账目混乱，差点吃了“哑巴亏”。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时咨询。