当公司面临的赔偿金额超过其注册资金时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是对此情况的详细解答：

一、公司责任承担

首先，要明确的是，公司以其全部财产对公司的债务承担责任，而注册资金只是公司设立时的初始资本，并非承担责任的上限。因此，即使赔偿金额超过了公司的注册资金，公司仍然需要以其全部资产来承担赔偿责任。

二、破产清算程序

如果公司的资产不足以清偿全部债务，那么公司可能会进入破产清算程序。在这个过程中：

1. 债权人或公司自身可以向法院申请破产。
2. 法院受理后，会指定管理人对公司资产进行清算、评估和处理。
3. 资产将按照法定顺序清偿债务，如支付清算费用、职工工资和社会保险费用、税款等，普通债权则按比例受偿。
4. 完成清算后，公司依法注销。

三、股东责任

在认缴制下，股东的责任与其出资情况密切相关：

1. 如果股东已经足额履行了出资义务，那么他们通常无需再额外承担赔偿责任，仅以其出资为限对公司债务负责。
2. 如果股东尚未足额缴纳认缴的出资，那么在未出资范围内，股东要对公司债务承担补充赔偿责任。例如，公司注册资金为100万，实缴50万，对外需赔偿150万，那么股东可能需在未缴的50万内承担责任。
3. 如果股东存在出资不实、抽逃出资等违法行为，他们也可能需要在不实或抽逃的范围内承担责任。

四、特殊情形与法律规定

需要注意的是，不同的法律情形、特殊行业或有专门规定时，处理方式可能会有所不同。因此，在处理这类问题时，必须根据具体的法律事实和法律关系进行全面判断，并采取合适的法律措施。

五、建议与行动

1. 及时咨询专业律师：面对复杂的法律问题，专业律师能够提供准确的法律意见和解决方案。
2. 积极与债权人沟通：尝试通过协商达成和解，以减轻公司的财务压力。
3. 准备相关证据：如合同、财务记录等，以备在法律程序中证明公司的立场和责任。

综上所述，当赔偿金额超过公司注册资金时，公司应依法承担全部责任，并在必要时启动破产清算程序。同时，股东的责任也与其出资情况密切相关。在处理这类问题时，务必根据具体的法律事实和法律关系进行全面判断，并采取合适的法律措施。