结论前置：公司注册资金10万，需要赔偿5万时，具体处理方式需结合公司性质、责任承担主体及赔偿原因综合判断，以下是具体分析：

1. 有限责任公司股东责任有限性
   若公司为有限责任公司，根据《公司法》第三条，股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任。注册资金10万即股东最大责任限额为10万，赔偿5万未超出该限额时，公司需以自有财产（包括未实缴的出资）承担赔偿责任。若公司财产不足，股东无需以个人财产补足，但需注意以下例外：

   • 股东未实缴出资：若股东未按约定实缴注册资金，需在未实缴范围内承担补充赔偿责任（如应缴10万但实缴5万，则需对剩余5万中的部分承担责任）。
     
   • 人格混同：若股东与公司财产、业务混同（如个人账户收付公司款项），可能被“刺破公司面纱”，需对债务承担连带责任。
     

2. 赔偿原因对责任的影响

   • 合同纠纷：若因公司违约需赔偿5万，公司需按合同约定履行，股东责任仍以出资额为限。
     
   • 侵权纠纷：若因公司侵权（如产品缺陷致人损害）需赔偿，公司需承担侵权责任，股东责任同上。
     
   • 行政处罚：若因违法被罚款5万，公司需以自有财产缴纳，股东不直接承担责任，但若因股东过错导致违法（如故意污染环境），股东可能被追责。
     

3. 实务建议

   • 核查公司财产：优先以公司账户资金、固定资产等清偿债务，避免股东个人财产被牵连。
     
   • 审查股东出资：确认股东是否已足额实缴，若未实缴，需评估是否需承担补充责任。
     
   • 避免人格混同：严格区分公司与股东财产，保留完整财务记录（如独立账户、审计报告）。
     
   • 协商或诉讼：若公司无力赔偿，可与债权人协商分期还款；若被起诉，需积极应诉并提交公司财产独立证据。
     

提示：若涉及具体案件（如股东纠纷、执行程序），建议提供更多细节（如公司类型、赔偿原因、股东出资情况），以便进一步分析责任承担方式。