针对商业用房屋顶开洞可能面临的行政处罚问题，结论前置如下：
若开洞行为擅自变动了房屋建筑主体和承重结构，则可能面临责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款。若在行政机关作出行政处罚决定前主动整改完成，且违法行为属一般情形从轻情节，则罚款金额可能有所减少。
若开洞行为破坏了城市道路或相关设施，则可能面临责令限期改正、罚款以及承担赔偿责任等行政处罚。
详细分析如下：
一、擅自变动房屋建筑主体和承重结构的情况
法律依据： 根据《建设工程质量管理条例》第十五条第二款的规定，房屋建筑使用者在装修过程中，不得擅自变动房屋建筑主体和承重结构。若违反此规定，根据《建设工程质量管理条例》第六十九条第一款的规定，应责令改正，并处5万元以上10万元以下的罚款。
案例参考： 以蚌埠市某商铺为例，该商铺在装修过程中将部分现浇板开洞，改变了原有的结构布置和荷载传递路径，影响了构件的使用安全。经检测认定不满足结构安全后，该商铺被处以责令改正，并处6.5万元罚款的行政处罚。
处理建议： 若商业用房屋顶开洞行为涉嫌擅自变动房屋建筑主体和承重结构，建议立即停止施工，并联系专业机构进行检测评估。若确实存在安全隐患，应主动进行整改，以减轻可能的行政处罚。
二、破坏城市道路或相关设施的情况
法律依据： 若商业用房屋顶开洞行为实际上是对城市道路或相关设施的破坏和挖掘，则可能违反《城市道路管理条例》的相关规定。根据该条例第二十七条，城市道路范围内禁止擅自挖掘城市道路。若违反此规定，根据《城市道路管理条例》第四十二条的规定，行政主管部门有权对商铺处以2万元以下的罚款，并要求其承担赔偿责任。
处理建议： 若商业用房屋顶开洞行为涉嫌破坏城市道路或相关设施，建议立即停止施工，并联系相关部门进行报告和协商。在得到相关部门许可后，方可进行后续施工或修复工作。
三、其他可能的法律后果
民事责任： 若商业用房屋顶开洞行为给其他道路使用者或第三方造成了损失，还应依法承担赔偿责任。
刑事责任： 在极端情况下，若商业用房屋顶开洞行为导致了严重后果（如房屋坍塌、人员伤亡等），则可能涉嫌犯罪，需承担刑事责任。
最后需要强调的是，商业用房屋顶开洞行为可能涉及多个法律领域和复杂的法律关系。因此，在面临此类问题时，建议直接向我咨询，以便获得更全面、准确的法律建议。