在刑事案件中，资料被二次退回侦查通常涉及多个方面的原因，这些原因主要围绕证据的充分性、合法性和程序的合规性。以下是对这一问题的详细解答：
一、证据层面的原因
证据链薄弱：首次退回补充侦查后，侦查机关补充的证据可能仍然无法满足起诉的需求。例如，证据链中存在薄弱环节，关键证据的证明力度不够，或者证据之间存在矛盾且难以合理消除。这些情况都可能导致检察院认为证据不足以支持起诉，从而选择二次退回侦查。
新疑点或问题的出现：在审查过程中，检察院可能会发现新的疑点或问题，需要进一步侦查核实。例如，犯罪嫌疑人提出新的辩解理由，或者检察院在审查证据时发现了新的线索，这些都需要侦查机关展开调查来判定其真实性。
二、程序层面的原因
侦查活动不合法：如果检察院在审查起诉阶段发现公安机关的侦查过程存在不合法行为，如刑讯逼供、以引诱或欺骗等方法搜集证据等，那么检察院有权将案件退回侦查机关补充侦查。这是为了确保侦查活动的合法性和证据的可靠性。
程序违法或不完备：除了侦查活动不合法外，如果检察院发现侦查程序存在违法或不完备的情况，如取证程序不合法、未遵循法定程序等，也可能导致案件被二次退回侦查。这是为了保障诉讼程序的公正性和严谨性。
三、法律规定的限制
根据《刑事诉讼法》的相关规定，补充侦查的次数不得超过2次。这既指退回公安机关补充侦查的案件，也包括人民检察院决定退回侦查部门补充侦查的案件。如果经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件的，那么检察院应当依法作出不起诉的决定。
四、二次退回侦查的目的
二次退回侦查的主要目的是让侦查机关进一步优化证据体系，使其能够符合提起公诉的法定标准。通过补充侦查，可以弥补证据链的薄弱环节、消除证据之间的矛盾、查实主要情节和犯罪构成要件等，从而保障司法的公正与严谨。
总结：刑事案件资料被二次退回侦查的原因可能涉及证据层面的薄弱、新疑点或问题的出现、程序层面的不合法或不完备以及法律规定的限制等多个方面。这些原因都是为了确保案件的证据充分、合法且程序合规，从而保障司法的公正与严谨。