建设工程施工中约定以在建商品房抵偿工程款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

法律有效性角度

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同内容。因此，建设工程施工合同中双方约定以在建商品房抵偿工程款，属于合同自由原则的体现，原则上应为有效。

2. 流押条款的排除：

   • 需要注意的是，如果双方约定在债务履行期届满前，抵押权人（在此场景下可类比为工程款债权人）与抵押人（债务人）约定债务人不履行到期债务时抵押财产归债权人所有的，这种“流押条款”是无效的。但在建设工程施工合同中，以在建商品房抵偿工程款通常是在工程款已经确定且债务履行期已经届满或明确约定的情况下进行的，因此不属于流押条款，不影响其有效性。

3. 物权变动与合同效力的区分：

   • 即使以在建商品房抵偿工程款的约定有效，也并不意味着物权立即发生变动。物权的变动还需要满足物权公示公信的原则，如办理商品房预售合同备案登记或房屋所有权转移登记等手续。但合同效力的认定与物权变动是两个独立的问题，合同有效并不必然导致物权立即变动。

司法实践角度

1. 最高院司法解释与判例：

   • 最高人民法院在相关司法解释和判例中，对于以物抵债协议的效力认定，通常采取较为谨慎但开放的态度。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，且双方意思表示真实，一般认定协议有效。在建设工程施工领域，以在建商品房抵偿工程款作为常见的工程款支付方式之一，在司法实践中也得到了广泛的认可。

2. 风险防范建议：

   • 尽管以在建商品房抵偿工程款的约定在法律上可能有效，但双方仍需注意风险防范。例如，应明确约定抵债商品房的具体信息（如位置、面积、户型等）、交付时间、质量标准、产权过户等条款，以避免因约定不明而产生的纠纷。同时，双方还应关注商品房的预售许可、规划许可等行政审批手续是否完备，以确保抵债商品房的合法性和可交易性。

特殊情况考虑

• 如果抵债商品房存在权利瑕疵（如已被查封、抵押或存在其他权利限制），则可能影响以房抵债协议的履行。在这种情况下，债权人可以要求债务人提供其他担保或采取其他补救措施，以保障自身权益。

建议：在签订以在建商品房抵偿工程款的协议时，双方应充分了解相关法律法规和司法实践，明确约定各自的权利义务，并关注抵债商品房的合法性和可交易性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。