因生病被说旷工40多天视为自动离职，这一做法是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位有权在规章制度或劳动合同中明确规定旷工达到一定天数视为自动离职的条款。但此类规定必须合法、合理，且需经过民主程序制定并公示给员工。
   • 若公司规章制度或劳动合同中确实有此类规定，且该规定合法有效，同时员工确实旷工40多天，那么公司以此为由视为员工自动离职，在程序上可能是合法的。但公司仍需确保员工知晓该规定，并给予员工合理的申诉或解释机会。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 若公司规章制度或劳动合同中未明确规定旷工多少天视为自动离职，那么公司单方面以员工旷工40多天为由视为自动离职，可能缺乏法律依据。
   • 在此情况下，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付经济补偿金等。若公司拒绝，员工可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的权益。

3. 关于生病期间的旷工认定：

   • 若员工因生病无法到岗工作，且已按照公司规定或法律规定履行了请假手续（如提供病假证明等），那么该期间不应被认定为旷工。
   • 若员工未履行请假手续或请假手续不符合公司规定，但确实因生病无法到岗，公司应考虑员工的实际情况，给予合理的理解和处理，而非直接视为旷工或自动离职。

法律建议：

• 员工应仔细审查公司规章制度和劳动合同中的相关条款，了解自己的权利和义务。
• 若公司以旷工为由视为员工自动离职，员工应要求公司出具书面通知，并明确离职原因和依据。
• 若员工认为公司的处理方式不合法或不合理，可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提供相关证据（如病假证明、请假记录等）来支持自己的主张。

可能后果：

• 若公司处理方式合法且合理，员工可能需要接受离职结果，并寻找新的工作机会。
• 若公司处理方式不合法或不合理，员工可能通过劳动仲裁获得经济补偿金、继续履行劳动合同等救济措施。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。