针对您提出的“两个法院对同一主体都判的民事执行怎么执行”的问题，这是一个涉及执行程序协调与司法资源整合的重要问题。以下是我根据相关法律法规及实践案例，为您提供的详细解答：

一、执行程序协调的基本原则

当同一被执行人涉及多起执行案件，且不同人民法院已分别立案执行时，为了依法及时有效地开展执行工作，通常会遵循以下原则进行协调：

1. 统一执行原则：上级人民法院可以根据案件情况，指定其中一个人民法院统一执行涉及同一被执行人的多起案件。这样做可以避免多头执行、强制措施重叠、执行思路不一等问题，提高执行效率。

2. 执破衔接原则：在执行过程中，如果被执行企业进入预重整或破产程序，可以将案件指定至具有破产管辖权的人民法院统一执行，以推进执破衔接，更好地实现涉企执行案件的清理与市场主体的有效救治。

二、具体执行方式

1. 指定统一执行法院：

   • 上级人民法院在审查相关案件后，认为由一个人民法院统一执行更为适宜的，可以作出指定执行的裁定。
   • 指定执行后，原执行法院应将相关案件材料移送至被指定执行的法院，由被指定执行的法院负责后续的执行工作。

2. 执破衔接机制：

   • 如果被执行企业在执行过程中进入预重整或破产程序，执行法院应及时与破产法院沟通协调，确保执行程序与破产程序的顺畅衔接。
   • 破产法院在受理破产案件后，可以依法对被执行企业的财产进行处置，并按照破产法规定的清偿顺序对债权人进行清偿。

三、实践案例参考

以指导性案例252号“浙江某新材料股份有限公司系列执行实施案”为例，该案中涉及同一被执行人的多起案件分别由不同人民法院立案执行。由于行政区划调整及被执行企业进入预重整程序，浙江省杭州市中级人民法院依法指定钱塘区人民法院统一执行有关系列案件。钱塘区人民法院在执行过程中，对被执行企业的案件进行了全盘梳理，并召集相关方进行座谈。最终，通过破产重整程序，成功帮助被执行企业摆脱困境，实现了债权人的合法权益最大化。

四、建议与总结

1. 对于债权人：在发现同一被执行人涉及多起执行案件时，可以及时向上级人民法院反映情况，请求指定统一执行法院，以提高执行效率。

2. 对于执行法院：在执行过程中应密切关注被执行企业的经营状况及财产情况，一旦发现被执行企业进入预重整或破产程序，应及时与破产法院沟通协调，确保执行程序与破产程序的顺畅衔接。

3. 总结：当两个法院对同一主体都判的民事执行时，应遵循统一执行和执破衔接的原则进行协调。通过指定统一执行法院和畅通执破衔接机制，可以更有效地推进执行工作，保护债权人的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时与我联系。