定制公交跨区域是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

合法情形

若定制公交车的运营完全符合相关部门的规定和审批程序，包括但不限于车辆资质、线路规划、运营许可等方面均满足要求，那么它就是合法的。具体来说：

1. 车辆资质：定制公交车需具备合法的运营资质，包括车辆登记证、行驶证等，且车辆需符合安全技术标准。
2. 线路规划：定制公交车的线路需经过交通运输管理部门的审批，确保线路规划合理，不会对公共交通秩序造成不良影响。例如，若跨区域运营，需明确起点、终点及途经站点，并获得相关区域的交通管理部门批准。
3. 运营许可：运营方需向交通运输管理部门申请运营许可，证明其具备运营定制公交车的能力和条件。这包括运营方的资质审查、运营计划审核等。

非法情形

如果定制公交车未经过合法审批擅自开展跨区域业务，就可能属于违法行为，会面临相应的处罚。具体来说：

1. 未经审批擅自运营：若运营方未获得交通运输管理部门的线路许可和运营许可，擅自开展定制公交车业务，尤其是跨区域运营，将构成违法行为。
2. 违反交通管理规定：定制公交车在运营过程中，若违反交通管理规定，如超速、超载、不按规定线路行驶等，也将受到处罚。
3. 影响公共交通秩序：若定制公交车的运营对公共交通秩序造成不良影响，如占用公交专用道、影响其他车辆正常行驶等，也可能被视为违法行为。

法律建议

1. 提前审批：若您计划开展定制公交车跨区域业务，建议提前向相关交通运输管理部门申请线路许可和运营许可，确保运营合法合规。
2. 遵守交通规定：在运营过程中，严格遵守交通管理规定，确保车辆安全、线路合理、运营有序。
3. 关注政策变化：由于交通管理政策可能随时调整，建议您关注相关政策变化，及时调整运营策略，确保始终符合法律法规要求。

若您在定制公交车跨区域运营方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。