当员工在劳动合同未到期的情况下自动离职时，作为用人单位，您需要遵循一系列规范且严谨的流程来妥善处理此事。以下是我为您详细梳理的处理步骤：
一、查看劳动合同中的违约责任条款
首先，您需要仔细查阅与该员工签订的劳动合同，特别是其中关于违约责任的约定。如果合同中明确规定了员工在未到期情况下自动离职需要承担的赔偿责任，那么员工很可能需要按照合同内容来履行相应的赔偿义务。
二、要求员工赔偿损失（如适用）
如果员工的自动离职行为给公司带来了实际损失，比如导致商业秘密泄露、工作交接未完成而影响了后续工作的正常开展等，您有权要求员工对这些损失进行赔偿。在要求赔偿时，请确保您有充分的证据来支持您的主张，比如工作交接记录、商业秘密泄露的证据等。
三、送达解除劳动关系的通知
在确认员工已经自动离职后，您需要及时向员工送达解除劳动关系的通知。在通知中，您应明确说明由于员工自动离职，双方的劳动关系从通知送达之日起正式解除。这一步骤对于明确双方的权利义务关系非常重要。
四、工资结算事宜
根据员工实际的工作时间，您需要支付相应的工资报酬。如果员工没有提前通知公司就离职，给公司造成了不便或损失，您可以在合理范围内扣除部分因交接不及时而产生的费用。但请注意，扣除的比例必须合理合法，不能违反相关法律法规的规定。
五、留存相关证据
在整个处理过程中，您需要注意留存好相关证据，以应对后续可能出现的劳动纠纷。这些证据可能包括劳动合同、工作交接记录、员工自动离职的证据、损失赔偿的证据等。
六、开具离职证明并办理档案和社保关系转移
最后，您还需要在解除或终止劳动合同时向员工开具解除或终止劳动合同的证明文件，并在规定的时间内（通常是十五个工作日内）为该员工办理档案及社会保险关系的转移事宜。
示例说明
假设某公司员工小李在未提前通知公司的情况下自动离职，且其劳动合同中明确规定了违约责任。公司发现小李离职后，部分工作交接未完成，影响了后续工作的正常开展。此时，公司可以按照以下步骤处理：
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。