在合伙清算中，若法院不予认定某笔金额，当事人可另案起诉的案由主要取决于该笔金额的性质及争议焦点，常见的案由包括合伙协议纠纷、不当得利纠纷或借款合同纠纷等。以下是对此问题的详细分析：
一、合伙协议纠纷
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合伙合同的规定，合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。若合伙清算中，法院不予认定的金额涉及合伙协议中的出资、利润分配、亏损分担等条款，当事人可以合伙协议纠纷为案由提起诉讼。
应用场景：例如，合伙协议中明确约定了各合伙人的出资比例和利润分配方式，但在清算过程中，法院因证据不足或其他原因未予认定某笔出资或利润分配金额，此时，当事人可以依据合伙协议提起诉讼，要求法院重新认定该笔金额。
二、不当得利纠纷
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。若合伙清算中，法院不予认定的金额涉及某合伙人未经其他合伙人同意，擅自将合伙财产用于个人用途或获取不当利益，其他合伙人可以不当得利纠纷为案由提起诉讼。
应用场景：例如，某合伙人在合伙经营过程中，未经其他合伙人同意，擅自将合伙资金用于个人投资或消费，导致合伙财产减少。在清算过程中，法院因证据不足或其他原因未予认定该笔金额为不当得利，此时，其他合伙人可以依据不当得利的规定提起诉讼，要求该合伙人返还取得的利益。
三、借款合同纠纷（如涉及借款）
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若合伙清算中，法院不予认定的金额涉及某合伙人向合伙企业借款但未予偿还，或合伙企业向外部第三方借款但法院未予认定该笔借款为合伙债务，此时，相关方可以借款合同纠纷为案由提起诉讼。
应用场景：例如，某合伙人以个人名义向合伙企业借款，但未在合伙协议中明确约定该笔借款的性质和偿还方式。在清算过程中，法院因证据不足或其他原因未予认定该笔借款为合伙债务，此时，合伙企业可以依据借款合同的规定提起诉讼，要求该合伙人偿还借款。
四、其他可能案由
除了上述三种常见案由外，根据具体情况，当事人还可以考虑其他案由，如侵权责任纠纷（如某合伙人因故意或过失行为导致合伙财产损失）、债权债务概括转移合同纠纷（如合伙企业整体转让时债权债务的转移问题）等。
五、建议与注意事项
收集证据：在提起另案诉讼前，当事人应充分收集相关证据，如合伙协议、出资凭证、利润分配记录、借款合同等，以证明自己的主张。
明确诉讼请求：在起诉时，当事人应明确自己的诉讼请求，即要求法院认定哪笔金额、以何种案由进行认定等。
咨询专业律师：虽然我作为曾新律师已经给出了上述建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在提起诉讼前，当事人最好咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律意见。
注意诉讼时效：根据法律规定，不同案由的诉讼时效可能有所不同。因此，当事人在提起诉讼时，应注意诉讼时效的问题，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。