垫付款是否可以按照运输挂靠合同起诉，需视具体情况而定，但通常来说，若垫付款与运输挂靠合同有直接关联且合同中有相关约定，则有可能依据该合同进行起诉。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果运输挂靠合同中明确约定了垫付款的相关条款，比如垫付的金额、方式、偿还期限以及违约责任等，那么当一方未按照合同约定履行垫付款义务时，另一方完全有权依据合同条款向法院提起诉讼，要求对方履行合同义务或承担违约责任。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定垫付款的相关事项，那么起诉的依据就会相对薄弱。此时，需要看垫付款是否与合同有其他间接的关联，或者是否能通过其他法律途径（如不当得利、无因管理等）来主张权利。
二、法律关系角度
垫付款与合同直接相关：
- 如果垫付款是直接为了履行运输挂靠合同而产生的，比如为了支付运输过程中的费用、购买运输所需的物资等，那么这种垫付款与合同就有直接的关联。在这种情况下，依据合同起诉是合理的。
垫付款与合同无直接关联：
- 如果垫付款与运输挂靠合同无直接关联，比如是为了其他目的而垫付的款项，那么就不能简单地依据运输挂靠合同来起诉。此时，可能需要通过其他法律关系（如借贷关系、合伙关系等）来主张权利。
三、实际操作建议
收集证据：
- 无论是否依据运输挂靠合同起诉，都需要收集充分的证据来证明垫付款的事实和金额。这些证据可能包括转账记录、收据、发票、合同文本、沟通记录等。
咨询专业律师：
- 在决定是否起诉以及如何起诉之前，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况分析法律关系的复杂性，提供针对性的法律建议。
考虑诉讼成本和效益：
- 在决定起诉之前，还需要考虑诉讼的成本和效益。如果垫付款的金额较小，而诉讼成本较高，那么可能需要权衡利弊后再做决定。
举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份运输挂靠合同，约定甲公司为乙公司提供运输服务，并垫付运输过程中的部分费用。后来，乙公司未按照合同约定偿还甲公司的垫付款。在这种情况下，甲公司完全可以依据运输挂靠合同中的相关条款向法院提起诉讼，要求乙公司偿还垫付款及承担违约责任。
总结与建议：垫付款是否可以按照运输挂靠合同起诉，需根据合同的具体约定、垫付款与合同的关联性以及法律关系的复杂性来综合判断。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律建议。