针对您提出的问题，即“房屋买卖已经登记的不动产，法院认为合同无效，登记机构应申请什么登记”，以下是我的详细解答：
一、问题背景与法律依据
在不动产交易中，若房屋买卖合同被法院判决无效，那么基于该无效合同所完成的不动产登记便失去了合法性基础。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，以及不动产登记的相关法规，我们需要对已登记的不动产进行相应的更正或撤销处理。
二、登记机构应采取的行动
更正登记：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第二百二十条，权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的，可以申请更正登记。不动产登记簿记载的权利人书面同意更正或者有证据证明登记确有错误的，登记机构应当予以更正。
- 操作建议：在房屋买卖合同被法院判决无效的情况下，出卖人作为不动产的原权利人，有权向登记机构申请更正登记，要求将不动产恢复至其名下。此时，出卖人应提交法院判决文书等证实登记确有错误的材料。
协助执行登记：
- 法律依据：若登记机构收到法院的协助执行通知，应依法协助完成相关登记的变更、撤销等操作。
- 操作建议：在法院判决合同无效后，若法院向登记机构发出协助执行通知，要求撤销基于无效合同的登记并恢复原状，登记机构应严格按照法院的要求执行。
撤销登记（特殊情况）：
- 法律依据：在更正登记无法纠正错误，且不动产权利未由善意第三人取得，撤销也不会给公共利益造成重大损害的情况下，登记机构可以考虑撤销登记行为。但这一操作需依据地方性法规或规章进行，并非普遍适用。
- 操作建议：一般情况下，更正登记是首选方案。只有在更正登记无法解决问题时，才考虑撤销登记。且撤销登记前，应确保不会损害善意第三人的利益或公共利益。
三、实际操作中的注意事项
- 单方申请：根据《不动产登记暂行条例》第十四条，申请更正登记的，由当事人单方申请即可，无需双方当事人到场。
- 材料准备：出卖人申请更正登记时，应准备充分的证据材料，包括法院判决文书、原不动产登记证明等，以证实登记确有错误。
- 登记机构审查：登记机构在收到更正登记申请后，应依法进行审查，并在确认登记确有错误后，及时办理更正登记手续。
四、结论
综上所述，当房屋买卖合同被法院判决无效时，登记机构应根据出卖人的申请或法院的协助执行通知，启动更正登记程序，撤销基于无效合同进行的登记，并恢复登记原状。在特殊情况下，若更正登记无法解决问题，且符合相关法规规定，登记机构可考虑撤销登记行为。但一般情况下，更正登记是首选且更为稳妥的解决方案。