结论：不动产登记时提交的合同被确认无效后，是否应恢复登记，需根据具体情况判断，一般而言，若因合同无效导致原登记基础丧失，应恢复至合同无效前的登记状态，但需考虑是否存在善意取得、已履行情况等特殊因素。
分析说明：
合同无效对不动产登记的影响：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，若不动产登记时提交的合同被确认无效，该合同自始不具有法律效力，对不动产登记的基础产生动摇。
- 不动产登记是基于合法有效的法律行为进行的，若作为登记基础的合同无效，则登记的合法性受到质疑，理论上应恢复至合同无效前的登记状态。
恢复登记的考虑因素：
- 善意取得：若第三人基于对登记的信赖而善意取得不动产，且符合善意取得的构成要件（如不知情、支付合理对价、已办理登记等），则可能阻却原权利人恢复登记的请求。
- 已履行情况：若合同虽无效，但双方已实际履行，如房屋已交付使用、价款已支付等，且不存在恶意串通损害国家、集体或第三人利益的情况，法院可能根据实际情况判决不恢复登记或采取其他补救措施。
- 其他特殊情况：如涉及公共利益、国家安全等特殊情况，法院可能根据具体案情作出不同于一般原则的判决。
恢复登记的流程：
- 若需恢复登记，原权利人应首先向不动产登记机构提出申请，并提供合同无效的相关证据材料。
- 不动产登记机构在收到申请后，应进行审查，并根据审查结果决定是否恢复登记。若涉及复杂法律问题或争议，不动产登记机构可能要求申请人通过司法途径解决。
- 若通过司法途径解决，法院将根据相关法律法规和案件事实作出判决，不动产登记机构应根据法院判决执行恢复登记或维持原登记状态。
行动建议：
- 若您面临不动产登记时提交的合同被确认无效的情况，建议首先收集合同无效的相关证据材料，如法院判决书、仲裁裁决书等。
- 接着，向不动产登记机构提出恢复登记的申请，并提交相关证据材料。
- 若不动产登记机构要求通过司法途径解决，或您对恢复登记的流程、结果有疑问，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护您的合法权益。
法律后果提示：
- 若因合同无效导致不动产登记被撤销或恢复，可能涉及房屋价值的变动、税费的重算等问题，建议您在处理过程中充分考虑这些因素。
- 若因处理不当导致损失扩大或产生新的纠纷，您可能需要承担相应的法律责任。因此，在处理此类问题时，务必谨慎行事，并寻求专业法律帮助。