借调协议只有甲方公章，在法律上并不直接导致协议无效，但可能引发关于协议效力及双方权利义务的争议，具体需结合协议内容、双方行为及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议形式要件与效力

1. 公章的法律意义：

   • 公章是单位对外行使权力、承担义务的象征，具有法律效力。在协议上加盖公章，通常视为单位对协议内容的认可和承诺。
   • 然而，仅凭甲方公章，并不能直接证明协议对乙方也具有约束力，除非乙方也以某种形式（如签字、盖章）表示了接受。

2. 协议生效条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（包括借调协议）的生效通常需要满足双方意思表示一致、内容合法、形式符合法律规定等条件。
   • 若借调协议仅甲方盖章，而乙方未签字或盖章，且没有其他证据表明乙方接受了协议内容，则该协议可能因缺乏双方合意而未生效。

二、协议实际履行与效力认定

1. 实际履行的影响：

   • 如果双方在实际中已经按照借调协议的内容履行了各自的权利义务（如甲方已借调乙方人员，乙方已接受借调并提供了人员），则可能视为双方以实际行为认可了协议的效力。
   • 在这种情况下，即使协议上只有甲方公章，也可能被认定为有效协议。

2. 证据收集的重要性：

   • 若发生争议，实际履行情况将成为判断协议效力的关键证据。因此，建议双方在协议履行过程中保留相关证据（如借调通知、工作交接记录、工资支付凭证等）。

三、法律建议与风险防范

1. 完善协议形式：

   • 为避免争议，建议在签订借调协议时，确保双方均签字或盖章，以体现双方的真实意思表示。
   • 如果条件允许，可以邀请第三方（如见证人、公证机构）参与协议签订过程，以增加协议的可信度和证明力。

2. 明确协议内容：

   • 借调协议应明确双方的权利义务、借调期限、工资待遇、社会保险等关键条款，以避免因内容不明确而引发的争议。

3. 及时咨询法律专业人士：

   • 在签订和履行借调协议过程中，如果遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询法律专业人士（如我），以确保协议的合法性和有效性。

四、可能的法律后果

1. 协议无效的后果：

   • 如果借调协议因缺乏双方合意而未生效，则双方可能无法依据协议主张权利或履行义务。
   • 在这种情况下，如果一方已经按照协议内容履行了义务，而另一方未履行，则履行方可能面临无法追偿的风险。

2. 争议解决方式：

   • 如果发生争议，双方可以首先尝试通过协商、调解等方式解决。
   • 如果协商、调解无果，则可以根据协议中的仲裁条款或双方达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。