结论：在符合法定条件且履行相应程序的情况下，已开具的工程款发票可以冲红，但需结合具体情形判断。以下是分情况说明：

1. 甲方拒开发票但发票已开具且未交付

若乙方已开具发票但未交付给甲方（例如因甲方拒收或未取票），且双方对工程款金额、付款义务无争议，乙方可单方申请冲红，但需满足以下条件：

• 冲红理由合法：如发票开具错误（信息有误、项目不符等），或因合同解除、工程变更导致原发票金额与实际结算不符；
  
• 履行程序：需通过税务机关指定的系统（如增值税发票管理系统）提交冲红申请，并留存相关证明材料（如合同变更协议、付款记录等）；
  
• 税务合规：冲红后需重新开具正确发票，避免因“虚开发票”被税务机关处罚。
  

风险提示：若甲方以“未收到发票”为由拒付工程款，乙方冲红后可能面临甲方主张“未履行开票义务”的抗辩，需提前通过书面通知、律师函等方式固定证据。

2. 甲方已收票但拒付工程款

若发票已交付甲方且甲方已抵扣税款，乙方无权单方冲红，需通过以下途径解决：

• 协商解决：要求甲方配合冲红（如甲方同意退回发票或出具红字信息表）；
  
• 法律途径：若协商无果，可依据《民法典》第577条（合同违约）起诉甲方支付工程款，并主张因甲方拒付导致乙方无法履行开票义务的免责事由；
  
• 税务协调：向税务机关说明情况，申请协助处理（如甲方恶意抵扣税款，税务机关可责令其补缴）。
  

关键点：发票冲红需以“交易实质变更或错误”为前提，若仅因甲方拒付工程款而冲红，可能被认定为“以冲红逃避纳税义务”，面临税务处罚。

3. 发票已跨月或超过认证期限

根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》，跨月发票冲红需由购买方（甲方）发起：

• 甲方需在增值税发票开票软件中填开并上传《红字信息表》；
  
• 乙方凭甲方提供的《红字信息表》开具红字发票。
  

例外情形：若因乙方原因（如开票信息错误）导致需冲红，且甲方不配合，乙方可向税务机关申请“销售方单方开具红字发票”，但需提供充分证据（如错误发票复印件、情况说明等）。

行动建议

1. 固定证据：保存合同、发票、付款记录、沟通记录等材料，证明甲方拒付工程款的事实；
   
2. 协商优先：通过书面函件要求甲方配合冲红或支付款项，明确法律后果；
   
3. 法律维权：若协商无果，及时起诉甲方支付工程款，并申请财产保全；
   
4. 税务合规：冲红前咨询税务机关，确保程序合法，避免额外风险。
   

总结：发票冲红需严格遵循税务规定，若因甲方拒付工程款引发纠纷，建议优先通过法律途径解决付款问题，再处理发票事宜。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。