业主代发的农民工工资，一般不可以直接退到公司账户上。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

从法律层面来看，农民工工资的支付应当遵循相关法律法规的规定。通常情况下，农民工工资是由用人单位（即公司）直接支付给农民工本人的，这是为了保障农民工的合法权益，防止工资被截留或挪用。如果业主代发工资后，又试图将工资退回到公司账户，这可能会涉及到工资支付流程的违规，甚至可能引发法律纠纷。具体来说，如果这种操作导致农民工未能及时、足额收到工资，那么公司或业主可能会面临劳动监察部门的处罚，甚至需要承担法律责任。

实际操作角度

在实际操作中，业主代发农民工工资通常是在特定情境下进行的，比如公司因某些原因无法直接支付工资时。在这种情况下，业主代发工资应当视为一种临时性的、替代性的支付方式。一旦公司恢复正常支付能力，就应当继续由公司直接支付工资给农民工。如果业主已经代发了工资，再试图将工资退回到公司账户，这不仅会增加操作上的复杂性，还可能引发农民工对工资支付情况的疑虑和不满。

解决方案与建议

1. 如果业主已经代发了工资，但发现存在错误或多发的情况：

   • 业主应当与农民工本人进行沟通，说明情况，并协商解决方案。
   • 如果农民工同意退还多余部分，可以通过银行转账等方式进行退还，但应当确保退还过程合法、合规，并保留好相关证据。
   • 业主不应直接将工资退回到公司账户，除非得到农民工的明确同意，并且这种操作不会违反相关法律法规。

2. 如果公司希望恢复由自己直接支付工资：

   • 公司应当与业主进行沟通，说明恢复直接支付工资的原因和计划。
   • 在得到业主的同意后，公司可以按照正常的工资支付流程，直接将工资支付给农民工。
   • 公司应当确保工资支付过程合法、合规，并保留好相关证据，以备查验。

特殊情况说明：如果存在特殊情况，比如公司因破产、重组等原因确实无法直接支付工资，且业主代发工资是经过相关部门批准或认可的，那么在这种情况下，如果需要将工资退回到公司账户（比如为了进行统一的债务处理或资产清算），应当遵循相关法律法规的规定，并确保农民工的合法权益不受损害。但这种情况属于例外，并不改变一般原则下工资不应直接退回到公司账户的观点。

如果有任何关于劳动工伤、工资福利等方面的法律问题，都可以直接向我咨询。