在电子商业承兑汇票被拒付后，依据基础合同关系主张债权时，是否需要退回商票，需分情况讨论：

1. 若选择依据票据关系主张权利：

   • 根据《中华人民共和国票据法》的相关规定，票据权利包括付款请求权和追索权。当电子商业承兑汇票被拒付时，持票人可以依法行使追索权，要求出票人、背书人等票据债务人承担票据责任。
   • 在此情况下，通常不需要退回商票，因为商票是票据权利行使的凭证，持票人需凭借商票来证明其票据权利，并据此行使追索权。

2. 若选择依据基础合同关系主张债权：

   • 基础合同关系是票据关系产生的前提和基础。当票据被拒付时，持票人也可以选择不依据票据关系，而是直接依据基础合同关系（如买卖合同、借款合同等）向合同相对方主张债权。
   • 在此情况下，是否需要退回商票，取决于基础合同的具体约定以及双方当事人的协商结果：
     • 如果基础合同中明确约定了票据被拒付后商票的处理方式（如退回商票），则持票人应按照合同约定执行。
     • 如果基础合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么是否需要退回商票可能成为双方协商的焦点。从法律实践的角度来看，退回商票并非必然要求，但持票人可能需要通过其他方式（如提供商票复印件、拒付证明等）来证明其债权。
     • 另外，从实务操作的角度，即使选择依据基础合同关系主张债权，退回商票也可能有助于简化纠纷处理流程，避免后续因商票保管、使用等产生的额外争议。但这一行为并非法律上的强制要求。

法律建议：

• 在处理此类纠纷时，建议持票人首先仔细审查基础合同和票据的相关条款，明确双方的权利和义务。
• 如果可能的话，尝试与合同相对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 如果协商无果，或者合同相对方拒绝承担责任，那么持票人可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。在此过程中，建议持票人咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。

可能后果：

• 如果持票人选择不依据票据关系而依据基础合同关系主张债权，并且未退回商票，那么可能会面临合同相对方对商票保管、使用等提出的异议或争议。
• 如果持票人能够提供充分的证据来证明其债权（如基础合同、交易凭证、拒付证明等），那么即使未退回商票，也有可能获得法院的支持。但这一过程可能会更加复杂和耗时。