在招投标过程中，对履约能力提出质疑是合法的。这一行为受到相关法律法规的保护，旨在确保招投标活动的公平、公正和透明。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国政府采购法》及《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）的相关规定，供应商在认为采购文件、采购过程或中标结果损害其权益时，有权提出质疑和投诉。这一权利不仅适用于未中标的供应商，也适用于已中标的供应商。因此，对履约能力提出质疑，实质上是供应商行使其法定权利的一种表现。

二、质疑的合法性与合理性

1. 合法性：质疑是供应商对招投标活动进行监督的一种方式，符合法律法规的规定。只要质疑的内容具体、明确，且有充分的事实和法律依据，就应当被视为合法行为。
2. 合理性：在招投标过程中，履约能力是评估供应商能否按时、按质、按量完成合同任务的重要指标。如果供应商认为其他投标人的履约能力存在疑问，或者认为采购人在评估履约能力时存在不公正行为，那么提出质疑就是合理的。

三、质疑的程序与要求

1. 提出质疑的形式：质疑必须以书面形式提出，并包含质疑人的基本信息、质疑项目的详细情况、具体明确的质疑事项及相关请求、事实与法律依据等内容。同时，质疑函需由法定代表人或其授权代表签字盖章。
2. 提出质疑的时限：质疑应当在法定期限内提出。对于采购文件、采购过程或中标结果的质疑，通常需要在知道或应当知道其权益受到损害之日起7个工作日内提出。
3. 处理质疑的程序：采购人或采购代理机构在收到质疑函后，应当在7个工作日内作出答复，并以书面形式通知质疑供应商和其他有关供应商。答复内容应当针对质疑事项进行逐一回应，并确保答复的准确性和合法性。

四、实际操作中的注意事项

1. 确保质疑内容的真实性：质疑人在提出质疑时，应当确保所提供的事实和法律依据真实可靠。如果质疑内容存在虚假或误导性信息，可能会承担相应的法律责任。
2. 注重沟通与协商：在提出质疑后，质疑人应当积极与采购人或采购代理机构进行沟通与协商，寻求妥善解决争议的方式。这有助于减少不必要的法律纠纷和成本支出。
3. 依法维护自身权益：如果质疑未得到妥善处理或答复不满意，质疑人可以在法定期限内向同级政府采购监督管理部门投诉。在投诉过程中，应当遵循法定程序和要求，确保投诉的合法性和有效性。

建议：在实际操作中，如果对招投标过程中的履约能力存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师或相关机构以获取更具体的指导和帮助。如果有任何法律问题，也可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的法律建议。