在中标单位质疑期，一般情况下不建议签订合同，因为此行为可能不合法。具体分析如下：

一. 法律依据与原则

1. 《中华人民共和国招标投标法》第四十六条明确规定，招标人和中标人应在中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。但此条款并未直接涉及质疑期内的合同签订问题。
2. 《中华人民共和国政府采购法实施条例》第五十四条则明确指出，询问或质疑事项可能影响中标、成交结果的，采购人应当暂停签订合同。这一规定明确了在质疑可能影响中标结果的情况下，应暂停合同签订的法律要求。

二. 质疑期内的合同签订风险

1. 影响质疑处理的公正性：在质疑期内签订合同，可能会被视为对质疑方的不公平对待，影响质疑处理的公正性和后续的法律程序。
2. 合同效力风险：若质疑成立导致中标结果变更或撤销，已签订的合同可能面临无效或需要解除的风险，这将给合同双方带来不必要的法律纠纷和经济损失。

三. 实际操作建议

1. 暂停合同签订：在质疑期内，建议招标人暂停与中标人的合同签订工作，等待质疑处理完毕后再行决定。
2. 密切关注质疑进展：招标人应密切关注质疑处理的进展情况，并根据处理结果及时作出相应的决策。
3. 沟通解释工作：在等待质疑处理期间，招标人可与中标人保持沟通，解释质疑处理的相关情况和可能的影响，为后续合同签订打下良好基础。

综上所述，在中标单位质疑期，为避免潜在的法律风险和纠纷，一般情况下不建议签订合同。招标人应严格遵守相关法律法规，确保招标活动的公正性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。