公司法定代表人在诉讼中的认定并非单纯以起诉时为准，而是根据不同情况有所区别。具体来说：
对外关系（涉及公司以外的第三人）：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十条，法人的法定代表人以依法登记的为准，但法律另有规定的除外。这意味着，在涉及公司以外的第三人因公司代表权而产生的外部争议时，应以工商登记的法定代表人为准。工商登记的法定代表人对外具有公示效力，第三人基于对工商登记的信赖而进行的交易或行为，应受到法律保护。
对内关系（公司内部争议）：
- 对于公司与股东之间因法定代表人任免产生的内部争议，则应以有效的股东会任免决议为准。例如，在大拇指公司与中华环保公司股东出资纠纷案中，法院认为，虽然工商登记的法定代表人与股东任命的法定代表人不一致，但涉及公司内部争议时，应以有效的股东会任免决议为准。这意味着，在公司内部，股东会有权通过决议来任免法定代表人，且该决议在公司内部产生法律效力。
法定代表人变更但未完成登记的情况：
- 如果法定代表人已经变更，但未完成工商登记变更，变更后的法定代表人要求代表法人参加诉讼的，人民法院可以准许。同时，原法定代表人进行的诉讼行为仍然有效。这体现了法律对实际变更情况的灵活处理，既保护了变更后法定代表人的诉讼权利，也维护了诉讼程序的稳定性。
法律建议：
- 及时变更登记：为了避免因法定代表人变更而产生的争议，公司应及时办理工商登记变更手续，确保工商登记的法定代表人与公司实际任命的法定代表人一致。
- 保留有效证据：在涉及法定代表人变更的争议中，公司应保留有效的股东会任免决议等证据，以证明公司内部对法定代表人的任免情况。
- 咨询专业律师：在处理涉及法定代表人的诉讼或争议时，公司应咨询专业律师，以确保公司的合法权益得到保护。
可能后果：
- 如果公司未及时变更工商登记的法定代表人，可能导致在与第三人的交易中产生信赖利益损失，公司可能需要承担相应的法律责任。
- 如果公司内部对法定代表人的任免产生争议，且未保留有效证据，可能导致公司在诉讼中处于不利地位。
因此，公司在处理涉及法定代表人的问题时，应谨慎行事，确保符合法律规定，并咨询专业律师以获取法律支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。