隐名股东在没有协议且法定代表人不承认的情况下，可以通过收集证据并提起确权之诉来维护自身权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、收集证据
出资凭证：
- 银行转账记录是显示你对公司资金投入的关键证据。确保这些记录清晰、完整，并能够证明你的出资行为。
- 如果有其他形式的出资，如实物出资、知识产权出资等，也应收集相应的评估报告、转让协议等证据。
参与公司管理的记录：
- 会议纪要、决策文件上的签字可以证明你参与了公司事务。这些文件应显示你的参与程度和决策影响力。
- 如果有其他形式的参与管理行为，如提出经营建议、参与项目策划等，也应收集相应的证据。
分红记录：
- 分红记录是证明你作为股东享受公司收益的重要证据。确保这些记录真实、准确，并能够反映你的分红比例和金额。
其他证据：
- 如果有与显名股东或其他股东之间的通信记录、邮件往来等，也可以作为证明你股东身份的辅助证据。
- 如果有目击证人或第三方机构出具的证明文件，也可以作为证据提交。
二、提起确权之诉
诉讼准备：
- 在收集到充分证据后，你可以向法院提起确权之诉，请求法院确认你的股东身份及权益。
- 准备起诉状时，应明确诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
诉讼过程：
- 在诉讼过程中，法院会综合审查各方证据，依据高度盖然性标准判断事实。
- 你需要确保证据的合法性、真实性和关联性，以便在诉讼中增加胜诉的几率。
法院判决：
- 如果你的证据充分，法院会依法作出确认判决，维护你的合法权益。
- 判决生效后，你可以要求公司对股东登记等相关事宜进行变更，以保障自己作为实际出资人的合法权益。
三、注意事项
证据的合法性和真实性：
- 在收集证据时，必须确保证据的合法性和真实性。任何伪造或篡改的证据都可能导致诉讼失败，并可能承担法律责任。
诉讼时效：
- 注意诉讼时效的问题。根据相关法律规定，提起确权之诉的诉讼时效可能有一定的限制。因此，在发现自己的股东身份不被认可时，应及时采取行动。
法律风险：
- 如果涉及到违反法律法规的强制性规定而进行隐名持股（例如公务员隐名持股等情况），这种情况下可能无法获得法律的支持。因此，在隐名持股前，应充分了解相关法律法规的规定。
四、特殊情况处理
如果法定代表人拒绝配合：
- 在提起确权之诉的同时，你可以考虑申请法院采取保全措施，如冻结公司账户、查封公司财产等，以防止法定代表人转移资产或损害你的利益。
如果公司其他股东也不承认：
- 你可以尝试与其他股东进行协商，寻求和解或达成共识。如果协商无果，你可以将其他股东也列为被告，共同参与诉讼。
最后，我建议你尽快采取行动，收集证据并提起确权之诉。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。