员工严重违纪扣除全部提成是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司无合法依据扣除全部提成，则不合法

   • 根据我国《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。提成作为工资的一部分，公司不得擅自扣减。
   • 如果公司未给出合理解释，就擅自扣减员工提成，员工有权向当地劳动监察机构进行举报投诉，要求公司支付被扣减的提成，并可能要求公司支付相应的赔偿金。

2. 若员工严重违纪，公司依据合法规章制度扣除部分提成，则可能合法，但扣除全部提成可能不合法

   • 如果员工因严重违纪行为被公司按照已经合法制定、公布且事先公示在全体员工面前的规章制度来执行罚金措施，这一扣除行为在形式上是合理的。
   • 但扣除金额有限制：根据相关规定，扣除金额不得超过员工当月工资总额的20%（此处需注意，若提成占工资比例较高，扣除全部提成很可能超过此限制）。若公司扣除全部提成，很可能因超出法定限制而不合法。
   • 举例说明：假设员工当月工资总额为10000元，其中基本工资为6000元，提成为4000元。若公司规章制度规定严重违纪可扣除当月工资的20%，则公司最多可扣除2000元（10000元的20%），而不能扣除全部4000元提成。

法律建议：

• 对于公司而言，应确保规章制度的合法性，并在执行时严格遵守法律法规，不得擅自扣减员工工资或提成。
• 对于员工而言，若认为公司扣除提成不合法，可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察机构投诉，或申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若公司违法扣除提成，可能面临劳动行政部门的责令支付劳动报酬、加班费或经济补偿，并可能被要求支付赔偿金。
• 若员工因此解除劳动合同，公司还可能面临支付经济补偿金的法律责任。

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