员工违反公司制度被开除并扣除全部工资，这一行为并不完全合法。下面我从两个方面进行详细分析：
开除员工的合法性：
- 若公司规章制度合法合规，且员工违反的行为严重，开除通常是合法的。这要求规章制度内容不与法律法规抵触，制定过程符合民主程序，并向员工公示或告知。同时，员工的违规行为必须达到严重程度，如多次旷工、营私舞弊给公司造成重大损失等。
- 若公司规章制度本身不合法，或员工违规情节轻微，开除则可能不合法。例如，规章制度未经民主程序制定，或员工仅偶尔迟到一次，公司以违反制度为由开除，这种处理显失公平，不具合法性。
扣除全部工资的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。因此，扣除全部工资是不合法的。
- 工资是劳动者的基本权益，是劳动者维持日常生活和满足基本生活需求的重要来源。公司不能仅凭员工违反内部规定就剥夺其获取劳动报酬的权利，这违背了劳动法的基本原则。
综上所述，员工违反公司制度被开除的合法性取决于公司规章制度的合法性和员工违规行为的严重性，而扣除全部工资则明确违反了相关法律法规。面对此类情况，劳动者应依法维权，可与公司协商，协商不成可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁委员会介入调解与仲裁。