超过除斥期间后，承包人与发包人达成的工程抵债协议的效力问题，需结合除斥期间的性质、协议内容及双方真实意思表示进行综合分析，以下为具体分析：
一、除斥期间的基本性质与影响
除斥期间，是指法律规定或当事人约定的形成权等权利的存续期间。其特点在于，期间届满后，权利本身即告消灭，而非仅产生抗辩权。在建设工程领域，若涉及形成权（如撤销权、解除权等）的行使，通常需在法定或约定的除斥期间内进行。一旦超过除斥期间，相关形成权将丧失，但这并不直接决定后续达成的工程抵债协议的效力。
二、工程抵债协议的效力分析
协议独立性原则：
- 工程抵债协议作为双方就债务清偿方式达成的合意，其效力原则上独立于之前可能存在的形成权及其除斥期间。即，即使形成权因超过除斥期间而消灭，双方仍可就债务清偿方式另行协商并达成协议。
双方真实意思表示：
- 协议的效力关键在于双方是否基于真实意思表示达成合意。若双方均明确表示愿意通过工程抵债的方式解决债务问题，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则协议应认定为有效。
无欺诈、胁迫等情形：
- 协议的签订过程中，若不存在欺诈、胁迫、乘人之危等导致合同无效或可撤销的情形，则协议的效力不受影响。
三、特殊情况下的效力考量
形成权行使与协议签订的关联性：
- 若工程抵债协议的签订与之前形成权的行使存在密切关联（如以行使撤销权为前提进行抵债），且形成权已因超过除斥期间而消灭，则可能影响协议签订的基础。但在此情况下，仍需具体分析协议内容是否独立于形成权的行使，以及双方是否就抵债事宜达成了新的合意。
协议内容合法性与公平性：
- 即使形成权已消灭，若工程抵债协议的内容存在显失公平、恶意串通等情形，仍可能因违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗而被认定为无效或可撤销。
四、法律建议与风险提示
明确协议内容：
- 在签订工程抵债协议时，应明确协议内容，包括抵债工程的范围、价值、交付时间、质量标准等，以确保协议的明确性和可执行性。
审查形成权状态：
- 若协议签订与之前形成权的行使存在关联，应审查形成权的状态，确保协议签订不依赖于已消灭的形成权。
遵循法律程序：
- 协议签订过程中，应遵循法律程序，确保双方意思表示真实、自愿，避免存在欺诈、胁迫等情形。
综上所述，超过除斥期间后，承包人与发包人达成的工程抵债协议，其效力原则上不受除斥期间的影响，但需结合协议内容、双方真实意思表示及法律程序进行综合分析。若您在此方面存在具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。