违章建筑抵债协议原则上无效，但需分情况讨论其具体效力及法律后果。以下从不同角度展开分析：

1. 协议本身的效力：违反法律强制性规定

根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。违章建筑因未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可建设，属于《城乡规划法》明确禁止的违法行为。因此，以违章建筑作为标的签订的抵债协议，因标的物本身违法，协议原则上无效。

例外情形：若违章建筑已通过补办手续合法化（如缴纳罚款、补办许可证等），则协议效力可能恢复，但需以行政机关最终确认为前提。

2. 协议无效后的法律后果

• 返还财产：双方需相互返还因协议取得的财产（如债务人返还债务，债权人返还违章建筑或占有权）。
• 折价补偿：若建筑已无法返还（如已被拆除），可按实际价值折价补偿，但需扣除违章部分对应的价值（如未缴纳的罚款、拆除费用等）。
• 过错赔偿：若一方对协议无效存在过错（如明知是违章建筑仍签订协议），需赔偿对方因此遭受的损失（如装修费用、预期利益损失等）。

3. 实务中的特殊处理

• 行政处罚与民事协议分离：即使抵债协议无效，行政机关仍可对违章建筑进行处罚（如限期拆除、罚款），但处罚结果不影响民事协议无效的认定。
• “事实占有”的保护：若债权人已实际占有违章建筑并投入使用（如装修、经营），法院可能基于公平原则，在协议无效后允许其继续占有至合理期限，但需以不损害公共利益为前提。

4. 风险提示与建议

• 对债权人：签订抵债协议前，务必核查建筑合法性（如查询规划许可证、产权证），避免因标的违法导致协议无效。
• 对债务人：若以违章建筑抵债，可能面临行政处罚（如拆除、罚款），且需承担协议无效后的返还或赔偿责任。
• 替代方案：建议通过合法财产（如现金、合法房产）抵债，或先补办建筑合法手续再签订协议。

总结：违章建筑抵债协议因标的违法而无效，但具体法律后果需结合建筑现状、双方过错等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。