公司在员工怀孕期间擅自降低其工资，一般情况下是不合法的。这一结论主要基于以下几部法律法规的分析：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国妇女权益保障法》

   • 该法第二十七条明确规定，任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这一条款直接保护了女职工在特殊生理时期的合法权益，避免她们因生育行为而遭受经济上的不合理损失。

2. 《女职工劳动保护特别规定》

   • 该规定第五条也强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资或解除劳动（聘用）合同。这一规定进一步明确了女职工在孕期的工资保护权益。

3. 《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》

   • 《劳动法》第四十六条规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。孕期女职工正常提供劳动，降低其工资违反了此原则。
   • 《劳动合同法》第三十五条规定，变更劳动合同内容需用人单位与劳动者协商一致，并采用书面形式。公司单方面降低孕期女职工工资，未协商且未取得同意，违反此规定。

二、特殊情况分析

尽管法律规定了不得降低怀孕女职工的工资，但也存在一些特殊情况。如果用人单位能够证明女职工在怀孕期间不能胜任原工作岗位，并且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任工作，那么根据公司合法有效的规章制度进行合理的岗位和工资调整可能是被允许的。然而，这种情况下，用人单位需要承担严格的举证责任，证明降薪行为的合法性和合理性，同时确保工资降低的幅度合理且符合法律法规的要求。

三、应对措施建议

1. 协商沟通：

   • 如果女职工遇到公司在孕期降工资的情况，首先可以尝试与公司进行协商沟通，要求公司恢复工资待遇。这是解决纠纷的一种温和且有效的方式。

2. 法律途径：

   • 若协商不成，女职工可以依法向当地的劳动监察部门投诉、举报或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，建议咨询专业的法律人士（比如我）以获取更具体的法律指导和支持。

四、实际案例与启示

在实际操作中，已经有多起因公司降低孕期女职工工资而引发的劳动争议案件。这些案件中，法院通常都会依据相关法律法规，判决公司恢复女职工的工资待遇，并可能要求公司支付相应的经济补偿。这充分说明了法律对孕期女职工工资保护的严格性和有效性。

总结来看，公司在员工怀孕期间擅自降低其工资是不合法的行为，除非存在特殊情况并经过严格的举证程序。女职工应当了解自己的合法权益，并在遭遇此类问题时采取适当的措施来维护自己的利益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。