不能直接以公司财产进行退赔。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律原则与规定
公司财产独立性原则：
- 根据《公司法》的相关规定，公司具有独立的法人财产权，公司的财产与股东的财产是相互独立的。股东以其出资额为限对公司承担责任，而公司则以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 因此，股东侵占的财产若已作为出资投入公司，该财产即成为公司财产的一部分，股东个人无权直接支配或退赔。
退赔的合法途径：
- 若股东侵占财产后以该财产出资成为公司股东，其侵占行为可能构成犯罪（如职务侵占罪），应依法追究刑事责任。
- 在刑事追诉过程中，若法院认定股东侵占的财产应予以追缴或退赔，退赔的对象通常是原财产的所有者或合法权利人，而非直接退赔给公司。公司若因股东侵占行为遭受损失，可通过民事诉讼途径向股东主张赔偿。
二、实际操作与后果
直接退赔的不可行性：
- 直接以公司财产进行退赔会破坏公司财产的独立性，损害公司债权人的利益。因为公司财产是公司对外承担责任的基础，若随意用于退赔，可能影响公司的偿债能力。
- 此外，直接退赔还可能涉及公司财务记录的篡改或虚假记载，引发更严重的法律后果。
合法退赔的途径：
- 股东应首先通过法律程序（如刑事追诉、民事诉讼）确认其侵占行为及应承担的赔偿责任。
- 在确认赔偿责任后，股东应以其个人财产进行退赔或赔偿，而非直接动用公司财产。
- 若股东无力退赔或赔偿，公司可依法通过股权转让、减资等方式调整股权结构或资本规模，但需遵循法定程序并保护其他股东和债权人的利益。
三、特殊情况与考量
公司其他股东的意见：
- 在处理此类问题时，应充分考虑公司其他股东的意见和利益。因为直接退赔可能涉及公司股权结构、资本规模等重大事项的变更，需经公司股东会或董事会决议通过。
公司债权人的保护：
- 在处理股东侵占财产出资问题时，应确保公司债权人的利益不受损害。因为公司财产是公司对外承担责任的基础，若因股东侵占行为导致公司财产减少，可能影响公司的偿债能力，进而损害债权人的利益。
建议：若遇到股东以侵占财产出资成为公司股东的情况，建议公司及时咨询专业律师，通过法律程序确认股东的侵占行为及应承担的赔偿责任，并依法进行退赔或赔偿。同时，公司应加强内部管理，完善出资验证和财务审计制度，防止类似事件的再次发生。有问题可以直接向我咨询。