在二次起诉离婚时，涉及两个孩子的抚养权判决是一个相对复杂的问题，法院会综合考虑多方面因素来做出最有利于未成年子女的判决。以下是对此问题的详细解答：
一、判决原则
法院在判决两个孩子的抚养权时，主要遵循“最有利于未成年子女”的原则。这意味着法院会考虑孩子的年龄、性别、生活状况、教育需求以及父母的抚养能力和条件等因素，以确保孩子能够在一个稳定、健康、有利于成长的环境中生活。
二、具体考量因素
孩子年龄：
- 哺乳期孩子：通常随母方生活，因为母亲能提供更直接的哺乳照顾。
- 已满两周岁孩子：若父母双方在抚养问题上无法达成协议，法院会根据双方的具体情况（如经济实力、工作性质、陪伴时间等）来判决。
- 已满八周岁孩子：法院会充分尊重他们的真实意愿，因为孩子此时已经具备了一定的判断能力和表达能力。
父母抚养能力和条件：
- 法院会综合考量双方的经济状况、生活环境、教育背景等，以确定哪一方更能为孩子提供稳定、健康的生活环境。
- 若一方已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力，或子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利等，法院可能会给予优先考虑。
孩子生活现状和稳定性：
- 法院会考虑孩子目前的生活状况，包括居住环境、教育资源等，以及改变生活环境可能对孩子产生的影响。
- 保持孩子生活环境的稳定性也是法院考虑的重要因素之一。
三、判决可能的结果
一方抚养一个孩子：
- 在实践中，如果双方都具备抚养能力，且没有其他特殊情况，法院可能会考虑判决一方抚养一个孩子，以平衡双方的权益。
一方抚养两个孩子：
- 如果一方能够证明自己具备更好的抚养能力和条件，且孩子也愿意随该方生活，法院可能会考虑将两个孩子的抚养权判归该方。
- 特别是当孩子尚小，需要更稳定的照顾和关爱时，法院可能会倾向于将孩子判给更有时间和精力照顾孩子的一方。
其他特殊情况：
- 如果一方存在严重不良嗜好、有暴力倾向等不利于孩子成长的情形，法院很可能会将孩子判给另一方。
- 如果双方协商一致，且该协议符合孩子的最佳利益，法院也会尊重双方的协议。
四、后续问题
抚养费：
- 无论抚养权如何判决，不直接抚养孩子的一方都需要支付抚养费。抚养费数额一般根据子女实际需要、父母双方负担能力和当地实际生活水平确定。
- 抚养费应包含基本的生活费、教育费、医疗费等必要费用。若子女有特殊需求，如重大疾病、特殊教育等，可适当提高抚养费数额。
抚养权变更：
- 随着孩子成长和实际情况变化，如果直接抚养孩子的一方出现不利于孩子成长的情形，或者另一方具备更好的抚养能力和条件，可以申请变更抚养权。
综上所述，二次起诉离婚时涉及两个孩子的抚养权判决是一个复杂而细致的过程。法院会综合考虑多方面因素来做出最有利于未成年子女的判决。如果您正面临这样的问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。