制种玉米侵权的处罚依据主要来源于《中华人民共和国种子法》及相关司法解释。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国种子法》

   • 该法第二十八条规定，任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖和为生产繁殖的目的向第三人提供该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。违反此规定的，即构成侵权。
   • 同时，该法第七十二条对侵权行为设定了明确的法律责任，包括责令停止侵权行为，没收违法所得和种子，并处以罚款；情节严重的，还可以由发证机关吊销种子生产经营许可证。

2. 相关司法解释

   • 《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定（二）》等司法解释，对侵害植物新品种权行为的认定、赔偿标准的确定等提供了具体指导。例如，对于运用分子标记法认定品种同一性时扩大位点加测的条件及加测结果的证明力问题，该司法解释给出了明确规定。

二、处罚措施

1. 民事责任

   • 侵权人需承担停止侵害、赔偿损失等民事责任。赔偿数额通常按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。在权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的情况下，可以参照该植物新品种权许可使用费的倍数合理确定。对故意侵害植物新品种权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下确定赔偿数额。

2. 行政责任

   • 农业主管部门有权对侵权行为进行查处，包括责令停止侵权行为，没收违法所得和种子，并处以罚款。对于情节严重的侵权行为，还可以吊销种子生产经营许可证。

3. 刑事责任

   • 在极端情况下，如果侵权行为构成犯罪（如生产、销售伪劣种子罪），侵权人还可能承担刑事责任。

三、实际案例

以最高人民法院公开宣判的“NP01154”玉米新品种侵权上诉案为例，该案中，金某公司未经许可使用“NP01154”作为亲本生产杂交玉米品种，被认定构成侵权。二审法院不仅撤销了一审法院此前作出的不构成侵权的判决，还判令金某公司停止侵权并赔偿经济损失及合理开支共计5334.7万余元。这一案例充分展示了我国法律对植物新品种权的严格保护。

四、建议与提醒

• 加强法律意识：制种企业和个人应增强法律意识，尊重他人的植物新品种权，避免未经许可使用他人品种进行生产繁殖。
• 完善合同管理：在与他人合作或购买种子时，应签订详细的合同，明确双方的权利义务，避免产生纠纷。
• 及时维权：如果发现自己的植物新品种权被侵害，应及时收集证据并寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

如果您在制种玉米侵权方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。