针对您提出的“房客欠了三年房租，今年才给，怎么开票”的问题，以下是我的详细解答：

1. 开票的基本原则：

   • 根据我国税收法规，提供租赁服务并收取租金的一方（即您作为房东）有义务向支付方（即房客）开具正规的发票。这是税收管理的基本要求，也是保障双方权益的重要措施。

2. 关于欠租期间与开票时间的关系：

   • 尽管房客欠了您三年的房租，但今年才支付，这并不影响您按照实际收到的租金金额开具发票。您应当根据今年实际收到的租金数额，向房客开具相应金额的发票。
   • 需要注意的是，如果欠租期间涉及利息或违约金等额外费用，且这些费用在合同中有明确约定并得到了房客的认可，那么这些费用也应当一并计入发票金额中。但在此案例中，若未特别约定利息或违约金，则只需按实际收到的租金开票。

3. 开票的具体流程：

   • 准备开票资料：包括您的身份证明（如身份证）、房产证明（如房产证）以及租赁合同等。这些资料是开具发票的基础，确保您有权出租该房产并收取租金。
   • 选择开票方式：您可以选择到当地税务局的办税服务厅申请代开发票，或者通过电子税务局等线上渠道申请代开。线上申请通常更为便捷，但需要您具备一定的电子操作能力。
   • 填写发票信息：在申请代开发票时，您需要填写发票的抬头（即房客的名称或公司名称）、税号（如房客为公司则需提供）、金额以及租赁期限等信息。确保这些信息准确无误，以免影响发票的合法性和有效性。
   • 缴纳税款：根据租金金额和适用的税率，您需要缴纳相应的税款。税款金额通常会在申请代开发票时由税务系统自动计算并提示您缴纳。
   • 领取发票：完成税款缴纳后，您可以领取到由税务局代开的正规发票。请妥善保管发票，以备房客需要或作为您自身财务记录的依据。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果房客要求您开具过去三年的租金发票，而您并未在当年收到租金，那么从税务合规的角度来看，您无法为过去未收到的租金开具发票。但您可以与房客协商，看是否可以就欠租期间的利息或违约金等额外费用进行约定，并据此开具发票。不过，这需要双方达成一致意见，并在合同中明确约定。

5. 法律建议：

   • 为了避免未来可能出现的纠纷，建议您在未来的租赁合同中明确约定租金支付方式、时间以及发票开具等事项。这样可以在合同层面保障双方的权益，减少不必要的争议。
   • 如果您在开票过程中遇到任何问题或困难，如税务系统操作不熟练、资料准备不齐全等，可以及时向当地税务局咨询或寻求专业帮助。

总结：针对您的情况，您应当根据今年实际收到的租金金额向房客开具正规发票。在开票过程中，请确保准备齐全的开票资料、选择合适的开票方式、准确填写发票信息并缴纳相应的税款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。