纪委让私企负责人交扣押款是否合法，需分情况讨论：

1. 纪委的职权范围
   纪委（纪检监察机关）主要监督公职人员及国有企业管理人员，其职权通常不直接覆盖私营企业负责人。若私企负责人并非公职人员或未涉及公职人员违纪行为，纪委一般无权直接要求其缴纳扣押款。但若私企负责人涉及与公职人员勾结、行贿受贿等违法行为，纪委可能通过调查程序要求配合，此时需结合具体调查程序判断合法性。

2. 扣押款的法律性质

   • 合法扣押：若扣押款属于涉案财物（如赃款、违法所得），且纪委通过合法程序（如立案调查、证据固定）要求缴纳，可能符合《监察法》中关于涉案财物处理的规定。但需注意，纪委无权直接“扣押”，应通过法定程序（如移送司法机关）处理。
     
   • 非法扣押：若纪委未履行法定程序（如未立案、无证据支持），或扣押款与案件无关，则可能涉嫌违法。此时私企负责人有权拒绝，并可通过行政复议、行政诉讼等途径维权。

3. 程序合法性
   即使纪委有权调查，也需严格遵守法定程序：

   • 立案调查：需有明确证据表明私企负责人涉嫌违法。
     
   • 权利告知：应告知被调查人权利义务（如申请复核、申诉）。
     
   • 财物处理：涉案财物需移交司法机关，由法院判决处理，纪委无权自行处置。
     若程序存在瑕疵（如未立案直接扣押、未告知权利），则可能构成程序违法。

4. 私企负责人的应对建议

   • 核实身份与程序：要求纪委出示调查通知书、立案决定书等文件，确认其调查合法性。
     
   • 咨询专业律师：若对扣押合法性存疑，可委托律师介入，通过法律途径质疑程序瑕疵。
     
   • 保留证据：保存所有与纪委沟通的记录（如书面通知、录音），以备后续维权。
     
   • 申诉途径：若认为纪委行为违法，可向其上级纪检监察机关申诉，或通过行政诉讼主张权利。

总结：纪委要求私企负责人交扣押款是否合法，需结合其职权范围、扣押款性质及程序合法性综合判断。若纪委越权调查、程序违法或扣押款与案件无关，私企负责人有权拒绝并维权。建议遇到此类情况时，第一时间咨询专业律师，通过法律手段保护自身权益。