劳动关系由甲方管理的法律规定，核心在于判断双方是否构成劳动关系，以及甲方管理行为是否符合劳动关系的特征。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动关系的认定标准

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，劳动关系的认定主要基于以下特征：

• 人格从属性：劳动者接受用人单位的管理、指挥和监督，如按时上下班、遵守规章制度等。
• 经济从属性：劳动者以用人单位提供的劳动条件为依托，获取劳动报酬，且报酬通常与出勤、工作成果挂钩。
• 组织从属性：劳动者被纳入用人单位的组织体系，成为其组成部分。

案例参考：在指导案例179号中，聂美兰与林氏兄弟公司签订的《合作设立茶叶经营项目的协议》虽名为合作，但实际履行中聂美兰接受林氏兄弟公司的管理（如请假需批准、工资与出勤挂钩），且按月领取固定工资，符合劳动关系的认定标准。法院最终认定双方存在劳动关系。

2. 甲方管理行为的合法性

若甲方（用人单位）对乙方（劳动者）进行管理，需符合以下要求：

• 规章制度合法：甲方的规章制度需经民主程序制定，且内容不违反法律、法规的强制性规定。
• 管理行为合理：甲方的管理行为（如考勤、考核、奖惩）需基于合法目的，且不得侵犯乙方的合法权益。
• 书面劳动合同：根据《劳动合同法》第10条，甲方应与乙方签订书面劳动合同，明确双方的权利义务。若未签订，乙方有权要求支付二倍工资差额（但如案例所示，若协议已包含劳动合同条款，可能不被支持）。

3. 合作协议与劳动关系的区分

实践中，部分用人单位以“合作经营”“承包”等名义与劳动者签订协议，试图规避劳动关系。但法院在认定时，会穿透协议形式，审查实际履行情况：

• 若协议约定了固定工资、考勤管理、奖惩制度等，且实际履行中劳动者接受用人单位的管理，则可能被认定为劳动关系。
• 若协议明确约定共同出资、共担风险、共享收益，且实际履行中劳动者自主经营、自负盈亏，则可能被认定为合作关系。

建议：

• 对劳动者而言，若认为与用人单位存在劳动关系，可收集工资支付记录、考勤记录、工作证等证据，申请劳动仲裁确认劳动关系。
• 对用人单位而言，若希望与劳动者建立合作关系，需在协议中明确约定合作内容、收益分配、风险承担等条款，并避免对劳动者进行过度管理。

4. 法律后果

• 若被认定为劳动关系：用人单位需承担劳动法上的义务，如支付工资、缴纳社保、提供劳动保护等。若违法解除劳动关系，需支付赔偿金。
• 若被认定为合作关系：双方按协议约定分配收益、承担风险。若发生纠纷，可能按合同纠纷处理，而非劳动争议。

总结：劳动关系由甲方管理的法律规定，核心在于判断双方是否构成劳动关系。若甲方对乙方进行管理，且符合劳动关系的特征（人格、经济、组织从属性），则可能被认定为劳动关系。建议双方在签订协议时明确约定法律关系性质，避免后续纠纷。如有具体问题，可直接向我咨询。