结论前置：不认可绩效考核方案时，员工是否有权申请劳动仲裁需分情况讨论。若绩效考核过程或结果存在违法、不公情形，员工可申请仲裁；若仅因对结果不满且考核标准合法合理，则仲裁请求可能不被支持。以下是具体分析：
一、可申请劳动仲裁的情形
绩效考核标准未明确告知员工
根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如绩效考核）时，需经民主程序并公示或告知劳动者。若公司未明确告知考核标准、指标或流程，导致员工无法知晓工作表现如何被评价，员工可主张考核程序违法，申请仲裁要求撤销考核结果或补偿损失。
考核过程存在不公正、不合理现象
- 标准随意更改：如公司未提前通知即修改考核指标，导致员工无法适应。
- 主观因素过多：如考核结果完全依赖上级个人偏好，缺乏客观依据。
- 证据造假：如公司伪造考核记录或沟通记录。
此类情形下，员工可提供绩效文件、沟通记录等证据，证明考核过程违法，要求仲裁机构裁决公司重新考核或补偿。
考核结果影响劳动合同解除或工资待遇
- 违法解除合同：若公司以“考核不达标”为由解除劳动合同，但考核标准违法或程序不公，员工可主张违法解除，要求继续履行合同或支付赔偿金（2N倍经济补偿）。
- 克扣工资/奖金：若考核结果直接导致降薪、扣发奖金，且无合法依据，员工可依据《劳动法》第五十条，要求补发工资并支付赔偿金。
二、不可申请劳动仲裁的情形
若绩效考核标准明确、合理，且考核过程公开透明，员工仅因对结果不满而申请仲裁，仲裁机构可能不予支持。例如：
- 公司已提前公示考核标准，员工知晓并同意；
- 考核结果基于客观数据（如销售额、项目完成率），无人为干预；
- 考核结果未影响劳动合同履行或工资待遇。
此时，员工需通过内部沟通或申诉机制解决争议，而非直接申请仲裁。
三、申请仲裁的准备与注意事项
收集证据
- 绩效文件：考核标准、流程、结果通知等书面材料。
- 沟通记录：与上级或HR关于考核的邮件、聊天记录。
- 工作成果：证明工作表现符合或超出标准的证据（如项目报告、客户评价）。
- 制度依据：劳动合同、员工手册中关于绩效考核的条款。
明确诉求
根据具体情形，可选择要求：
- 撤销考核结果，重新考核；
- 补发工资、奖金或支付赔偿金；
- 继续履行劳动合同或支付违法解除赔偿金。
注意时效
劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。建议尽快申请，避免超期。
四、法律建议
- 优先内部沟通：若考核结果存疑，可先与上级或HR沟通，要求复核或提供解释。
- 咨询专业律师：若涉及复杂情形（如违法解除、克扣工资），建议提前咨询律师，制定仲裁策略。
- 保留书面证据：日常工作中注意保存与考核相关的书面材料，避免口头沟通无记录。
总结：不认可绩效考核方案时，员工能否申请仲裁取决于考核过程是否合法、合理。若存在程序违法或结果不公，可依法维权；若考核标准明确且过程透明，则需通过其他途径解决争议。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律意见。