结论前置：预付款未约定履约保证金时，合同双方可通过补充协议明确履约保障措施，或依据《民法典》合同编相关规定处理争议。以下从法律实务角度分情况说明：

1. 优先通过补充协议完善条款

• 法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后当事人可就质量、价款等未约定事项签订补充协议。若预付款条款未约定履约保证金，双方可协商签订补充协议，明确保证金比例、支付时间、扣减规则及返还条件。
• 实务建议：
  • 明确保证金性质（如定金、违约金或担保金），避免与预付款混淆；
  • 约定保证金扣减情形（如违约、质量不达标等）及返还条件（如合同履行完毕）；
  • 保留书面证据（如邮件、签字文件），防止口头约定引发争议。

2. 无补充协议时，依合同目的和交易习惯处理

• 法律依据：根据《民法典》第511条，若合同未约定且无法达成补充协议，可按合同相关条款或交易习惯确定。例如，若行业惯例要求预付款需配套履约保证金，可参照惯例执行。
• 实务建议：
  • 收集行业惯例证据（如行业协会文件、同类合同范本）；
  • 结合合同目的分析（如预付款是否为担保履行），推断双方真实意图；
  • 若对方拒绝履行，可主张其承担违约责任（如赔偿损失）。

3. 预付款与履约保证金的法律关系区分

• 预付款性质：预付款是合同履行前支付的款项，通常用于提前占用资金或表达履约诚意，不直接具备担保功能。
• 履约保证金性质：履约保证金是担保合同履行的款项，若一方违约，另一方可扣减保证金作为赔偿。
• 实务风险：若未约定履约保证金，预付款可能被误认为担保，但法院通常不支持直接扣减预付款作为违约金，需另行主张损失赔偿。

4. 争议解决路径

• 协商：优先与对方沟通，明确履约保障需求（如增加担保、分期支付等）。
• 调解/仲裁：若协商不成，可申请行业调解或依据合同仲裁条款解决。
• 诉讼：若合同未约定仲裁，可向法院起诉，主张对方承担违约责任（需证明损失与违约行为的因果关系）。

总结：预付款未约定履约保证金时，建议优先签订补充协议明确权利义务；若无法达成一致，可结合合同目的、交易习惯及法律规定主张权益。如有具体合同文本或争议细节，可进一步向我提供，我将结合条款内容为您定制解决方案。