结论：员工在9、10月请假两个月期间，若十一假期属于法定休假日，且请假未涵盖该假期，则应当发放工资；若请假涵盖十一假期，则需根据请假类型及公司规定判断是否发放工资。以下是具体分析：

1. 法定休假日的工资支付原则
   根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定休假日（如国庆节）安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬；未安排工作但属于法定休假日的，仍应按正常工资标准支付。因此，若员工在十一假期未被安排工作，但该假期属于法定休假日，公司仍需支付工资。

2. 请假类型的影响

   • 事假：若员工请假两个月为事假，且十一假期包含在事假期间，根据《企业职工带薪年休假实施办法》及相关规定，事假期间一般不支付工资。但需注意，若公司规章制度或劳动合同中另有约定（如事假期间保留部分工资），则按约定执行。
     
   • 病假：若请假为病假，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资，十一假期若属于医疗期内的法定休假日，仍应支付工资。病假工资标准通常不低于当地最低工资标准的80%。
     
   • 带薪年休假/婚假等：若请假包含带薪年休假、婚假等法定带薪假期，十一假期若属于带薪假期范围，应全额支付工资。

3. 公司规章制度的补充作用
   若公司规章制度或劳动合同中明确规定了请假期间工资支付规则（如“事假期间不支付工资，但法定休假日除外”），则需优先适用公司规定，但不得低于法定最低标准。

建议：

• 员工可核对请假类型及公司规定，确认十一假期是否属于应支付工资的范围；
  
• 公司应审查工资支付记录，避免因漏发法定休假日工资引发劳动争议。
  

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