当您发现身份证丢失后被他人用于注册公司时，这确实是一个需要严肃对待的法律问题。为了有效维护您的合法权益，我建议您按照以下步骤处理，并在必要时考虑请律师协助。
一、立即采取行动，收集证据
向公安机关报案：
- 携带有效身份证件（如补办后的身份证）到户籍所在地或公司注册地的公安机关报案。
- 详细说明身份证丢失及被冒用注册公司的情况，获取报警记录作为后续处理的重要证据。
收集身份证明与丢失证据：
- 搜集能证明身份证曾丢失的材料，如补办身份证时的派出所受理回执、挂失证明等。
- 这些材料将证明在公司注册时间节点，您的身份证处于失控状态。
证明非本人注册：
- 准备笔迹鉴定样本（如平时签名、书写文件）和不在场证明（如行程记录、工作证明、证人证言）。
- 这些证据将在必要时通过笔迹鉴定和证明注册时不在现场来支持您的主张。
二、向市场监督管理部门反映情况
提交投诉举报：
- 携带身份证件、报警记录及其他相关证据，前往该公司注册地的市场监督管理部门。
- 填写投诉举报表格，详细说明身份证被冒用注册公司的情况，并要求撤销或变更基于错误身份信息的公司注册登记。
配合调查：
- 市场监督管理部门接到投诉后会进行调查核实。
- 在此期间，您应积极配合调查工作，按照要求提供相关信息和证据，如实陈述事情经过。
三、考虑请律师协助
在处理过程中，若您遇到困难或对法律程序不熟悉，及时请律师协助是非常必要的。律师可以：
- 帮助您评估案件的严重性，提供具体的法律建议。
- 协助您准备必要的法律文件，如投诉书、证据清单等。
- 在必要时代表您与市场监督管理部门或相关方进行沟通协商。
- 如果案件进入诉讼阶段，律师将为您提供全面的法律支持。
四、后续处理与个人信用修复
撤销注册登记：
- 若市场监督管理部门经调查确认公司注册是冒用身份信息进行的，将依法撤销该公司的注册登记。
修复个人信用：
- 身份证被冒用注册公司可能对您的个人信用产生不良影响。
- 在公司注册登记撤销后，您应向相关金融机构、信用评级机构等说明情况，要求消除因该冒用行为导致的不良信用记录。
加强个人信息保护：
- 为防止类似事件再次发生，您应加强个人身份信息的保护。
- 定期更换密码、使用安全的网络环境、不轻易透露个人信息等。
- 同时，及时在相关机构进行身份证挂失和补办手续，确保身份信息得到及时更新和保护。
综上所述，身份证丢失后被他人用于注册公司是一个复杂的法律问题。通过立即报案、收集证据、向市场监督管理部门反映情况、考虑请律师协助以及后续的个人信用修复和信息保护措施，您可以有效维护自己的合法权益。请务必保持耐心和积极态度，坚持维权并积极采取措施。